百足之虫，死而不僵，以扶之者众也。
大汉国祚四百年，早就已经深入人心，虽然这几年天灾不断，百姓流离失所，民不聊生，朝廷又做出屠戮灾民的恶行，可这并未完全动摇这个国家的根基，大部分的百姓反的是宦官和官府，而非大汉天子。
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而且光武帝复汉之事，本就为大汉加上一层神秘色彩。而东汉立国以来，又不限制世家大族和豪强发展，更是使大汉朝廷获得地方统治力量的绝对支持。若非灵帝搞了十几年的党锢之祸，得罪了士大夫阶层，张角根本掀不起这么大的风浪，这大汉王朝的江山仍是稳如泰山。
卢植这边将张角包围在广宗，而其余各处的官军也开始向黄巾军发起反攻。
颍川战场，虽然朱儁与波才一战，首战失利，但皇甫嵩及时跟进，避免了朱儁所部遭到更大的损失，二人一同退守长社县（治今河南省长葛县东北）。
黄巾军善于野战，却不善于攻城，于是攻击长社月余，却无所获。
皇甫嵩不愧是宿将，老奸巨猾，他召集众人说道：“兵有奇变，不在觿寡。今贼依草结营，易为风火。若因夜纵烧，贼军必大惊乱。到时我等出兵击之，四面俱合，田单之功可成也。”
天遂人愿，当晚大风骤起。皇甫嵩命令将士扎好火把登上城墙，先派精锐潜出围外，纵火大呼，然后城上点燃火把，与之呼应。皇甫嵩借此声势，鸣鼓冲出。
黄巾军缺乏战斗经验，惊慌散乱，眼看火势变大，惊惧之下，被迫后撤。
就在这时，曹操也率领整合完的豫州各郡郡兵，赶来支援。
曹操自归乡之后，听从曹昂的建议，便在谯县以曹家、夏侯家两族青壮为核心，招揽了夏侯惇、史涣等人，编练了一支军队。
等黄巾乱起，曹操复职，靠着这支丁壮，曹操得以整合梁国、沛国、陈国等处郡兵，有兵数千。再加上曹昂派来的三十余骑，曹操所部竟成了平叛各军中仅次于三路主力的精锐。
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这时曹操准备赶往颍川支援朱儁，郭嘉建议曹操，不若先平居于沛国、陈国一带的黄巾渠帅大洪。
郭嘉看来，此时攻打大洪，曹操的独立领兵，一旦平贼，功劳都在他身上。但若是赶到颍川，就要居朱儁之下，到时候会失了自主权，功劳也大打折扣。
曹操听了，深以为然，他本就不是一个甘居于人下的主。
此时陈王刘宠拥有数千张强弩，曹操担心实力不足，又向刘宠借强弩近千张，然后便兵发大洪所屯兵的武平（治今河南省鹿邑县西北庙王庄）。
太平道本就在兖州、徐州、豫州交汇这几个郡实力不强，大洪这个陈国黄巾渠帅虽管着三个郡，但实际上其实力远不如汝南、颍川这一个郡渠帅的实力。
双方连战几场，大洪皆被击败，只得困守武平县城。
而曹操在此早做了准备，他命史涣带了十多个机警之人，把缴获的黄巾衣甲，贴身穿在官军衣甲里面，待双方交战，黄巾军溃退之际，史涣等人脱去官军衣甲，杂在黄巾乱兵之中，混入城中。
大洪的军队，本就是三个郡国，十多个县的信徒组成，相互之间，多不识得。这些黄巾军，本质上乃是一群乌合之众，虽然败入城中，也无人整合、编练军队。而且谯县离着武平，不过百里，语言、风俗相通，所以史涣等人藏于黄巾军中，根本无人发现。
到了双方约定好的次日晚上，史涣带着人秘密往东城门处去。
众人排成一队，跟巡逻的一般，装模作样，旁若无人。沿途有人询问，史涣皆言是大洪渠帅的卫队。众人皆是黄巾打扮，也无人怀疑，于是史涣一路来到城门处。
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而趁着城门处守军不备，史涣率人突然暴起，刚才还笑语盈盈的同袍，此时却成了索命的阎罗。
众人挟矛持斧，黄巾军守卫东门的士兵措不及防，很快便给史涣杀散。史涣力大，一人上前，竟然扛起门栓，众人再一同用力，这城门也便打开了。
城外的曹操，正等的焦急，眼看城门打开，知道史涣得手，于是一挥令旗，便引大军入城。
这些黄巾军，本就战力一般，城破之后，更无力抵抗，至此整个武平城遂下。
城破之后，曹昂光是黄巾兵卒便俘虏了五六千人。这时有人建议，把这些黄巾降卒一一检点，年轻力壮的编入部伍，留在麾下，年老体弱的，直接杀了了事。
曹操此时也无暇处置这些人，便准备依计行事。
郭嘉见状，立刻劝阻，不过也没讲什么大道理，只言曹昂可处置这些俘虏，切勿诛杀。
曹操虽不知儿子用意，但也相信曹昂，遂不再管这些俘虏。
曹操击败大洪之后，又连番几战，平定了梁、陈、沛三郡国的黄巾军，然后便不得不引兵西进。
曹操倒是挺享受独立领兵的快乐。
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曹操一路优哉游哉地平贼西进，沿途歼灭了数股黄巾乱军，再赶到颍川之后，已经是七月下旬了。
不过还算及时，曹操所部，正好堵住了波才溃兵。皇甫嵩、朱儁、曹操三部会师，对颍川黄巾发起了致命一击。
这一战颍川黄巾虽顽强抵抗，但终至大败，损失惨重，数万人遭屠戮。
灵帝听到颍川黄巾被平定后心中大喜，悬了数月的心终于放下。他这一高兴，倒是不吝封赏，皇甫嵩以破贼之功，封都乡侯。曹操因为平定三郡国贼乱，被封为都亭侯，食九百户。
因为是曹操独立领兵，功劳并未被挂到朱儁头上，否则绝对不可能封侯的。不过曹家本就有个费亭侯的爵位，所以这都亭侯也算是给曹铄提前准备的了。
而朱儁因为之前大败之事，只能算功过相补，什么也没得到。
颍川战后，众人进讨汝南黄巾，追波才于阳翟，击彭脱于西华，并破之，馀贼降散，三郡悉平。
而皇甫嵩这时候上书为朱儁说话，将平汝南的战功尽归于朱儁，于是朱儁被封为西乡侯，迁镇贼中郎将。同时天子诏令皇甫嵩兵进东郡，朱儁南下南阳，至于曹操，则在曹嵩的钻营下，被任命为东郡太守，跟着皇甫嵩前往兖州了。