长州藩新藩主毛利元德宣布无条件投降，藩军立即停止抵抗。以松平容保、间部诠胜为首的幕府军，相继占领长州藩全境。中英法美荷五国联军，则分兵占据萩城和马关。
藩军立场转换之决绝、彻底，令联军大感疑惑。前一天，藩内武士还在叫嚣“全藩玉碎”，打算与联军决一死战。毛利元德宣布投降后，武士们就像完全变换了一个人，态度发生一百八十度的大转变，反而对联军卑躬屈膝。
此种疑问，在宋朝《资治通鉴》里便有论断。名相司马光在《资治通鉴》里论及日本，说日本人：“知小礼而无大义，拘小节而无大德，重未节而轻廉耻，畏威而不怀德，强必盗寇，弱必卑伏”。
联军最高统帅、中国全权代表、中国驻日公使陈至立，引用了这句话，向英法美荷等国公使解释日本人的转变，减轻了各国公使的疑忌。
8月29日，五国公使齐聚马关，开始商议战后如何处置长州藩。五国联合干涉长州藩，中国起到了决定性的作用，中国军队在登陆作战、门下町之战、山口城之战中歼灭了最多的藩军，牢牢控制了战局。
之前，中英法三国联军干涉萨摩藩时，英国为联军之首，发挥作用最大，主导了战后谈判。按照这种先例，中国将在处置长州藩问题上占据主导权。
在马关港奉行所，陈至立召集各国公使，率先拿出了条约草案，抛出了处置长州藩七条要点，得到了各国公使的认可。
一、中英美法荷五国公开承诺，支持日本的“公武合体”运动，反对“尊王攘夷”运动。五国不寻求颠覆日本政体，尊重日本的政治传统，尊重幕府在日本的主体地位。
二、日本之前途。五国认为，德川幕府应当担负起领导“公武合体”的重任，鼓励幕府以中英法三国为蓝本，建立一个君主立宪制的国家。
幕府应当放弃陈旧的观念，放弃敌视外国的错误观点，改变落后的文化制度，积极向中、英、法三国学习，主动开放通商。
特别是，日本与中国同文同祖，使用中国汉字为官方文字，应当积极学习中国的成功经验。
三、长州藩应向中英法美荷五国，赔款五百万元法币。萨摩藩赔偿中英法三国款项为三百万银元。长州藩性质更为恶劣，战争涉及范围更广，故把赔款增加至五百万法币。
法币与银元的比例为1：1。以法币为结算单位，也是各国对法币的认可。
这是一笔沉重的财政负担，主要以马关港海关收入、长州藩盐税、田税为担保，分二十年还清。年利息为百分之四，实际总赔款额度高达一干多万法币。
中英法美荷五国将从战争赔款中提存不少于三分之一的额度，用于改造长州藩、支持长州藩的战后重建、支付外国军队驻扎长州的费用。
四、解除长州藩的武装，除必要的警察力量外，长州藩不得再保留任何形式的武装力量。换言之，整个长州藩将成为一片不设防的区域。
马关改为自由港，中英法美荷五国军舰可自由靠泊马关，并可深入濑户内海。为了长州藩的长治久安，亦为了保护外国人的权益，中英法三国将在马关长期驻军。
原则上，中、英、法三国设在马关的驻军比例为4：3：3，总人数不超过两干人。驻军受到战争威胁，或情势紧急时，三国有权增加驻军。此为中英法三国的单方面权利，无需得到幕府将军、天皇的同意。
前二十年，驻军费用从战争赔款中支取。二十年后，驻军费用由日本当权者提供，以马关港关税收入为担保。
马关为下关海峡的咽喉，地理位置极为重要。马关之西为对马海峡，是日本西海岸进出中国黄海、东海、太平洋的必经之道。
马关之东为日本濑户内海，濑海内海沿岸涵盖了日本列岛四大岛之三，包括本州岛、四国岛、九州岛三个最为重要的岛屿。另一个大岛北海道岛，尚处于蛮荒状态，主要人口为虾夷人。
不难看出，一旦日本失去对马关海峡的控制权，将在国防上处于相当被动的地位。中国则可以凭借琉球、朝鲜济州岛、外东北海参崴、库页岛，全面掌握东亚海权，在战略上形成挤压日本之势。
五、改革藩政，将藩政大权逐步交还幕府。由中英法美荷五国主导，利用六年时间，对长州藩的军政体制实施彻底改革，主要区分委任统治、奉还版籍、废藩置县三个阶段。
（一）委任统治阶段。由中英法美荷五国主导，建立一个军政委员会，从长州藩新任藩主毛利元德手中接管军政大权。委员会主任由中华帝国派遣官员担任。
军政委员会为长州藩最高权力结构，将从幕府、长州藩旧藩、朝廷等派别中吸收“公武合体派”官员，根据军政委员会的指示，具体开展行政工作。
此阶段最显著的特征是，长州藩一切权力由五国军政委员会掌握。五国军政委员会将以中国上海特别市为蓝本，对长州藩实施彻底的改造。
这一阶段，大约将持续三年时间。五国军政委员会将在三年内，实施均田免赋，废除武士制度，仿照中国建设新的警察、教育、税收等制度。
（二）奉还版籍阶段。所谓奉还版籍，具体来说，是指三年委任统治期满后，到公元1860年，若一切顺利，长州军政委员将向幕府交还领土（版土）和辖区居民（户籍）。
坦诚来讲，奉还版籍主要是形式上的，涉及行政、税收、治安、教育、交通等重要职能，仍不移交幕府。
但幕府可派遣官员，担任长州藩“知事”，作为长州藩名义上的最高行政长官。知事代表幕府，对长州藩实施直接的行政领导，但需要接受五国军政委员会的指示，受五国军政委员会的领导。知事的任命，需经过五国军政委员会的同意。
这一阶段相当于过渡阶段，时间初定为两年。其最大特征是，五国军政委员会向幕府移交形式上的主权，但实际权力仍掌握在五国军政委员会手中。
在此期间，五国军政委员会继续保留，作为长州藩政的指导机构。藩知事下属的财政、警察、税收、工商、交通等重要部门，需从长州军政委员会中聘请顾问。
（三）废藩置县阶段。所谓废藩置县，是指依照中国，在长州藩推行郡县制，废除长州藩的称号，改称为山口县，辖区大致与长州藩相似。
山口县最高行政长官仍称知事，由幕府直接派遣。县知事应当开明教化，不得对外国抱有敌对态度。
此阶段大致持续一年时间。如果一切顺利，五国军政委员会将宣告解散，向山口县知县移交除关税外的所有权力。
为保证山口县准时向五国解交赔款，五国将继续派遣官员掌控马关海关，直至日本清偿完毕所有的战争赔款。
六、关于武士的处置。五国军政委员会将以武力为后盾，从根本上废除日本武士制度，摧毁日本军国主义的根基。
日本的武士，等级森严，以征夷大将军为首，由德川氏世袭。将军以下，从高到低依次是大老、老中、御家老、守护代、大名、家老、部将、侍大将、足轻大将、足轻头、足轻。
日本历史上的明治维新启蒙思想家福泽谕吉，就曾经说过：
“‘家老’（大名的重臣）家所生的孩子永远当家老，‘足轻’家生的孩子永远是足轻。世世代代，家老就是家老，足轻就是足轻，夹在其间者也同样如是，经过若干年也无半点变更。”
福泽谕吉出身于低级武士，在他看来，藩主的家臣“家老”就经高不可攀了。
但实际上，德川幕府制定的《武家诸法度》非常严苛，不仅禁止士、农、工、商各阶层之间的横向流动，还严禁武士阶级内部各等级的上下流动。
黑船事件后，萨摩藩、长州藩等雄藩对幕府多有藐视，开始从中下级武士中发掘人才。譬如萨摩藩重用西乡隆盛、大久保利通，长州藩重用大村益次郎，在当时都是惊世骇俗之举。
五国军政委员决心克服一切阻力，废除武士制度。一方面，委员会将以武力为后盾，不达目的决不罢休。另一方面，委员会将在长州藩实施均田免赋，获得更广大民众的支持。武士与普通民众一样，可以分得土地，维持基本的维生手段。
对于长州藩最重要的、地位最高的“一门八家”武士，委员会将尽量争取他们的支持，减轻改革阻力。具体来说，就是把“一门八家”改为贵族，只拿俸禄，享受名位，但不掌实权，以换取他们对新政权的支持。
七、增开萩城为通商口岸，中英法美荷五国领事在通商口岸享有领事裁判权，有权在口岸建设租界，对租界实施自治管理。.