韦昌辉也非等闲之辈，诛杨之事非常凶险。他向胡以晄写信，说洪秀全有密诏，要他们联合起来一起倒杨，准备拉胡以晄下水。
胡以晄能做上??王，同样老谋深算，之前一直在外带兵打仗，避免卷入洪杨相争的漩涡。他并不看好洪秀全的诛杨行动。因为天京城内外都是杨秀清的部队，而杨秀清耳目众多，被手下吹嘘为“无所不能、无所不在、无所不知”。
洪秀全诛杨，并无十足的胜算。万一洪秀全诛杨失败，以杨秀清心狠手辣的个性，岂不要大开杀戒？与其冒险追随韦昌辉，还不如按兵不动，坐山观虎斗呢！
韦昌辉等不到胡以晄，甚为恼怒，对胡以晄这种瞻前顾后的行为十分不耻。
箭在弦上，不得不发。韦昌辉毅然带着三千北殿精锐开往天京。他手上持有杨秀清的调令，一路十分顺利。
在天京城外，韦昌辉遇到秦日纲。秦日纲正在溯江而上，奉杨秀清调令前往皖北。
韦昌辉把洪秀全的密函拿给秦日纲，秦日纲毫不犹豫，当即决定参与诛杨。
韦昌辉挑选了三千北翼精锐，秦日经挑选两千精锐，按照约定的日期前往天京城外汉西门。
陈承瑢早已等候多时，见到北殿兵马，他喜出望外，下令开门。他是天京城防司令，又是东殿官长，汉西门守将毫不怀疑，放韦昌辉的五千叛军入城。
当时，天京内外处处把守、节节设防，校核口令，通宵不断。在陈承瑢的巧妙安排下，五千来自外省的叛军顺利一路通过重重关卡，顺利来到东王府。
这夜，一向戒备森严的东王府，也被陈承瑢盗用东王东王名义，降低了警备程度。
陈承瑢引导得力，叛军行动迅速，很快便控制了出入东王府的交通要道。
大将许宗扬援助北伐失利，一直被杨秀清关进大狱。陈承瑢提前派人释放陈宗扬，让他担任攻打东王府的急先锋。
陈承瑢最担心东殿刀牌手。东殿刀牌手共有两千多名，负责侍卫东王府。
东王府与天王府一样，府内多为侍女，男丁很少。两千东殿刀牌手全部住在“参护府”，与东王府隔了一条街。
韦昌辉令北殿三千兵马包围、进攻参护府，令燕殿两千兵马进攻东王府。
准备妥当后，陈承瑢亲自到东王府门前敲门，告诉守门官有重要军情，必须立即进府。
陈承瑢本就是东殿官长，平时可以随意出入东王府。守门官根本想不到，自己的长官竟然叛变了！
赚开东王府大门后，叛军一拥而入，见人就杀，逢人就砍。
陈承瑢故伎重演，赚开了参护府大门。
正是深夜，东王府、参护府毫无防备。爱尔兰雇佣兵、秦日纲的卫士肯.能，曾亲身经历天京事变。他在回忆录中说道：“举事之时，有如迅雷暴发”。
很多东王府男女老幼、参护府的刀牌手们还在呼呼大睡，就做了叛军的刀下鬼。
杨秀清在睡梦中被喊杀声惊醒。他跳到窗前，只见外面火光冲天。
难道是叛军？杨秀清不敢相信自己的眼睛。确认不是在做梦后，杨秀清丢下黄金床上的诸位娘娘，在两名亲兵的护卫下来到密室。
东王府的密室非常隐秘，只有杨秀清、陈承瑢两人知道。当初，土营数十人负责建筑这个密室。事成之后，杨秀清将那些土营将士全部处死，防止泄密。
正当杨秀清在密室中惴惴不安时，密室的门被打开了。许宗扬脸上露出狰狞的笑容，冲杨秀清喝道：“杨秀清，你也有今天，出来受死吧！”
杨秀清这才知道，是陈承瑢出卖了他。他坦然走出密室，看到门外的太平军将士，突然仆地，又要使出“天父下凡”的鬼把戏。
“天父下凡”有一个前提：杨秀清周围必须遍布亲信、侍卫，这样才能威慑其他人。如今，杨秀清孤身陷入敌军，谁还信他的鬼把戏？
许宗扬一剑刺中杨秀清的肩膀，骂道：“东贼，你死到临头，还要装神弄鬼！”
杨秀清被带到了韦昌辉面前。
这个一向在杨秀清面前卑躬屈膝、低声下气的韦昌辉，这个最被杨秀清看不起的韦昌辉，在杨秀清最想不到的时候，杀杨秀清一个措手不及。又以迅雷不及掩耳之势，杀得东殿毫无招架之力。
杨秀清忍住巨痛，对韦昌辉说道：“我要见天王，只有天王能够杀我。”
韦昌辉手提长剑，狞笑道：“我奉天王密诏，特来诛杀你这个乱臣贼子！”
说罢，韦昌辉瞄准杨秀清心脏，一剑刺了进去。
按照洪秀全的设想，诛杨行动只杀杨秀清、杨元清、杨润清、杨转清四人，不得株连太广。
但从9月3日凌晨起，韦昌辉的北殿、秦日纲的燕殿部队就杀红了眼。东王府、参护府内，尸横满地。东王府内文武官吏、男女老幼，参护府内的刀牌手们，死难的有数千人。
天亮后，洪秀全发布诏令，诛贬杨秀清为“东孽”，对外宣布他“窃据神器，妄称万岁，已遭天殛”。
按，这个诏书出自洪秀全本人，被传统史学界认作是杨秀清逼封万岁的关键证据。其实，传统史学界受历史价值观影响，难免要尊洪贬杨。洪秀全说杨秀清“妄称万岁”，多半是为了撇清自己在天京事变中的责任。
同理，石达开兵败被俘后，其口供有三个版本：《三略汇编》、《骆文忠公奏议》和《蜀燹述略》，《三略汇编》相对更加详细可信。据《三略汇编》，石达开口供中称“洪秀全本欲杀杨，口中不肯，且故意加杨秀清为万岁”。
这便是“洪秀全加封万岁说”的来源。但石达开远在湖北，显然不可能详知天京事变的内幕。石达开这样说，要么是撇清自己在天京事变中的责任，要么就是根据洪秀全的说辞。
可见，杨秀清谋反、逼封万岁之说并不成立。天京事变的导火索，正是陈承瑢诬告杨秀清谋反，其根源还在于太平天国的神权、政权冲突。
洪秀全下达诏书，声称既往不咎，只株首恶，进一步麻痹了残存的东殿党羽。他们逐渐停止抵抗，放下了武器。
实际上，杨秀清刻薄寡恩，部下离心离德。史载，天京事变第二天，东王府附近的军民纷纷闯入王府，抢夺府内的珠宝财物，根本没人关心东王是死是活。
同样的，残余的东殿刀牌手抵抗亦不激烈。除了韦昌辉兵马强大外，洪秀全的诏书亦有力地瓦解了他们的抵抗意志。
韦昌辉阴狠毒辣，对放下武器的东王府文武官吏、东殿刀牌手，全都杀杀杀，不留一个活口。
这时候，官兵都杀红了眼，早就把洪秀全“不得滥杀无辜”的禁令忘得一干二净。
洪秀全下达诏书后，东殿反抗寥寥，大多放下武器，放弃抵抗。只有东殿礼部一尚书、扶天侯傅学贤不甘引颈就戮，继续率领东殿残部，与韦昌辉展开巷战。
巷战竞日，傅学贤寡不敌众，兵败被杀。傅学贤一死，东王府残存的属吏、参护府刀牌手只得投降。韦昌辉大开杀戒，将已经投降的东殿残余全部诛杀。
杨秀清有亲族二十七人、东王娘娘五十四员。包括东王府中已有身孕的侍女，东王府大小属吏三千余名、参护府两千余名刀牌手，全部死于韦昌辉屠刀之下。
韦昌辉还不解恨。杨秀清柄权已久，天京卫戍部队大多是东殿部队，东王亲信遍布天京内外大小关隘。
杨秀清暴卒，局势陷入混乱，这些人群龙无首，未能组织起有效的反抗。万一让他们缓过神来，推举出个领袖出来，韦昌辉、秦日纲等人可就危险了。
这时候，天京城内外已有流言，说韦昌辉并非奉有洪秀全的密诏，而是矫诏擅自诛杨。又说洪秀全下诏诛贬杨秀清为“东孽”，也是出于韦昌辉的胁迫。
韦昌辉恼羞成怒，晋见洪秀全，要求诛杀杨秀清余党，以绝后患。