十日后，征台军登陆台湾，战事总体较为顺利，只在台湾府城、淡水厅两地发生了相对激烈的战斗。
台湾府城位于今之台湾省台南市，是台湾府的府城，也是台湾道道台、台湾府知府、台湾镇总兵的驻地。
一城驻有一道台、一知府、一总兵，自然是台湾清军的防御重点。清军在此驻扎了四千人马，然则疲弱不堪。
台湾镇总兵是个旗人，不愿投降革命军，故奋不顾身，作战颇为勇猛。府城靠近大海，全靠炮台防御。
革命军派战舰逼近府城，利用大炮轰击城墙。又派出三千登陆兵，在府城南翼登陆。清军在城外略作抵抗，即收缩防线，退回城内。
战至第三天，革命军扫清府城外围障碍，架设云梯突入城内，攻破台湾府城。
府城一破，总兵战死，道台投降，清军顿失凭恃，群龙无首，再也不能形成有力的抵抗。
不久之后，杨国瑞率征台军司令部进驻府城，在此布告四方，宣布成立台湾军政府。
台南的局势迅速稳定下来，征台军随即北上，扫荡台湾西海岸，嘉义、彰化等重镇皆望风而降。走到淡水厅，遭遇到一股强有力的抵抗。
淡水厅初设于1723年，掌管台湾中部以北区域。厅治本设立于台湾中部的彰化。1756年，，淡水厅官署移至竹堑（今新竹）。自此之后，竹堑城成为北台湾政经文化教育的中心。
淡水厅有一个名叫姓陈的大地主，坐拥土地上千顷。他仇恨革命军，害怕革命军没收他的土地，纠集了两千名团练，号称“虎头军”，试图阻挡革命军进占淡水。
“虎头军”取的是“猛虎吞羊”的意思。因为革命军为杨烜所创，杨为“羊”，虎能吃羊。
然而，姓陈的自知“虎头军”徒有其名，又招募了三百名“熟番”、两百名“化番”，凑成了一支两千五百人的队伍。
清朝统治台湾，将台湾岛上的原住民分为熟番、生番和化番。
所谓熟番，是指汉化程度比较高的原住民，多居住在平原地区，从事农业耕种。生番则是汉化程度比较低的原住民，多居住在山区，靠狩猎采集维持生计。化番则介于生番与熟番之间。
原住民开化程度不高，却熟悉地形，勇武剽悍。历史上，日本殖民台湾五十年，高山族原住民时常起义，给日本殖民者以沉重的打击。以雾社起义为原型的电影《赛德克.巴莱》，极为形象地表现出了台湾原住民的风采。
征台军从台南至淡水厅，一路无往不胜，清军皆望风而降。逼近淡水厅时，有人说淡水的“虎头军”颇具声势，需要多加防备。
先锋由副团长王玉宝率领，听闻“虎头军”的故事，不禁嗤之以鼻，笑道：
“老子从小就是土司兵。第一次东征战役时，老子是新兵蛋子，连长给我佩的是长矛。老子不服，深入敌后，抢下了四杆火枪。
“征越战役时，老子做连长，带领全连充当全师的尖刀连，才进入越南就遭遇象兵。越南人的战象，站起来就像一座小山似的，老子照样打趴了战象，也给手下兄弟们弄了好些象肉。
“他娘的，那象肉又老又柴，嚼起来就像木头一样。要是牙口不好，真吃不下这越南象肉……
“老子称自己为‘虎头军’，还差不多。淡水厅那个姓陈的地主算什么东西，有几杆枪，拉了一群佃农，就敢称虎头军了？
“……”
王玉宝仍和以前一样，执意要带部队，虽是副团长，其实兼任步兵营营长。他喜欢说大话，经历的事情又多，吹起牛来有根有据，令手下崇拜不已。
主将如此，部下也就放松了戒备，没把“虎头军”当回事。走到一处小道，斥候发现了虎头军的旗帜。尖刀排急于争功，冲到虎头军跟前。
虎头军一触即溃，丢下许多军资给养，有战马、大米、蔗糖、鱼干等。尖刀排不知是计，放松了戒备，一窝蜂扑上去抢夺军资。
谁知道，几十个番兵已经潜伏在附近几十米远的树丛中。突然一声唿哨，番兵跳了出来。他们赤身跣足，脸上、胸口皆有文身，或持毒箭，或持土枪，向尖刀排发起了突然袭击。
尖刀排猝不及防，来不及反击，就被番兵一一撂倒。番兵习俗野蛮，以取人首级为功劳多寡，生番甚至还有食人的习俗。
这群番兵随手持有斧头，先斩掉尖刀排的首级，再抢下尖刀排的步枪，然后迅速逃入树丛。
等革命军援军赶过来时，尖刀排已经全军覆没，只留下三十多具无头尸体。
王玉宝赶到现场，气得血脉贲张。他也算见多识广，却被番兵的残暴所震惊。
当场，王玉宝痛哭流涕，派人收殓尸体，又抽点三百名土司兵出身的官兵，集中全营所有火枪火炮，准备挑战虎头军。
有人说：“番兵野蛮无礼，都是姓陈的在从中挑拨离间。姓陈的说，革命军要杀尽生番，把广东人、广西人迁来台湾。番兵害怕家园被毁，所以才受了姓陈的欺骗。与其找番兵报复，不如先抓住姓陈的。”
又有人说：“越王三令五申，要争取招抚番子，先礼后兵。况且，虎头军人多势众，先锋军人少。不如等主力跟上来之后，才找虎头军算账。”
王玉宝已经气昏了头，不顾手下劝谏，带着三百名土司兵冲击虎头军。副营长见势不对，一面扎营固守，准备随时支援王玉宝，一面派人向主力送信，要他们迅速过来增援。
虎头军本是乌合之众，与王玉宝才一交锋，死伤无数，溃不成军。倒是番兵颇为悍勇，抵挡了好一阵时间。
番兵虽然剽悍，却未受到系统的军事训练，只能单打独斗，不能互相配合。而土司兵急于报仇，个个奋不顾身，番兵最终落败，被俘五十余人。
按照革命军的俘虏政策，各军在战时都要优待俘虏，决不能虐待俘虏，更不能擅自杀俘。王玉宝不顾战场纪律，下令屠杀战俘，砍掉头颅后送给山上的朗社。
高山族通常聚族为居，称为“社”，一社往往在千人以上。这股番兵，就来自淡水厅附近山上的朗社。
王玉宝原以为能够吓倒番子，没想到却弄巧成拙。山上的朗社番民同仇敌??，声称决不投降革命军。
王玉宝骑虎难下，干脆带土司兵上山，攻克朗社，搜剿残余番兵。由于不熟悉地形，土司兵伤亡惨重。最后，在朗社敌对部落的帮助下，王玉宝才最终攻下朗社。
这时候，两边仇恨加剧，王玉宝已经不敢再擅自杀俘。杨国瑞也得到消息，生怕王玉宝造次，亲自赶到淡水厅处置这起事件。
这一仗得到窝囊，王玉宝冷静下来后，亦觉得深为不妥，向杨国瑞负荆请罪。
杨国瑞刚刚开府台湾，正准备在台湾大展拳脚，不想却遇到这桩难题，尤其恼怒，骂王玉宝道：
“王玉宝，亏你还是个副团长，如此没有轻重。我不怪你轻敌冒进，误中埋伏，可你不该杀俘，更不该派兵进攻朗社！你这样一闹，台湾人还怎么看我们！还愿意归顺我们吗？若按军法处置，杀你也不为过！”
此言一出，左右纷纷为王玉宝求情。
副营长说：“副团长虽然擅自杀俘，却也有效震慑了番兵。此战之后，番兵决不敢再与我为敌。事宜至此，不如将计就计，派人向番人各社宣示道理，要他们弃暗投明。”
王玉宝也知道自己犯了大错，懊悔不已，说道：“大帅，我知错了，任凭你发落。”
杨国瑞叹口气，冷冷地说道：“王玉宝，即刻起，你军衔由中校降为中尉，职务由副团长降为副连长，仍在先锋效力。尖刀排已经全军覆没，着令你重新组建尖刀排，戴罪立功。”
王玉宝心中一喜。他最怕杨国瑞把他调到后方的后勤岗位上。杨国瑞让他继续带兵，还在先锋效力，可见仍然赏识他的才能，日后自己必能东山再起。
他一向桀骜不驯，不知天高地厚。这一次，他算是真服了杨国瑞，也怕了杨国瑞。
杨国瑞也留在淡水厅，指挥革命军夺取淡水厅，活捉陈姓大地主。祸事皆由他而起，革命军对他可就不客气了。
先把陈家积攒的粮食分发给平民、番子，再乘机组织群众大会，揭示姓陈的罪恶，宣扬革命军为百姓谋福利的道理，公审后枪决。然后，又大力宣传革命军的均田免赋政策，争取民心。
革命军对此已是轻车熟路，也借机弥合了王玉宝造成的不良影响。