光和七年九月，徐州刺史巴衹及从事赵昱讨平琅玡、东海、彭城、下邳、广陵五郡黄巾。破虏校尉邹靖破广阳黄巾。徐、幽二州乃定。
十月，皇甫嵩久攻广宗不克，于是退而结营。待黄巾麻痹，突然夜袭广宗，斩人公将军张梁，获级三万。待官军入城，方知天公将军张角已于八月病逝。于是，皇甫嵩命人剖棺戮尸，又将张角首级传送京师。
此后，皇甫嵩又会同钜鹿太守郭典，马不停蹄，直奔下曲阳。至十一月，斩地公将军张宝，获级十万。皇甫嵩于是命人于城南筑京观，一时间下曲阳浮尸遍地，血流成河。至此，冀州升平。
冀州乃定，信都县令阎忠进言皇甫嵩曰：将军威震天下，风驰四海。然昏主之下，难以久居，如不早图，恐后悔无及。皇甫嵩惧曰：夙夜在公，心不忘忠。非常之谋，反常之论，所不敢闻。阎忠见皇甫嵩不听劝谏，弃官逃亡。
待张角首级及冀州平定的消息先后传至京师，天子刘宏兴奋不已，一道中旨拜皇甫嵩为左车骑将军，领冀州牧，晋封槐里侯，食槐里、美阳两县共八千户。
再说荆州宛城，朱儁调虎离山，以徐璆、秦颉佯攻城南。自己则暗渡陈仓，亲率五千精兵从城北以土坡突入城中。黄巾不敌只得退守内城。
渠帅韩忠惶惧官军威势，遣人乞降。副将张超及徐璆、秦颉皆欲听之。谁知朱儁却拒不受降，道：兵有形同而势异者。昔秦、项之际，民无定主，故赏附以劝来耳。今海内一统，唯黄巾造寇，纳降无以劝善，讨之足以惩恶。今若受之，更开逆意，贼利则进战，钝则乞降，纵敌长寇，非良计也。于是下令急攻，然连战不克。
一日朱儁登高远眺，突然计上心头，令城北解围。围三阙一之下那韩忠果然中计，引军突围。朱儁趁势追击，大破其军，斩首万余，韩忠亦为秦颉所杀。
韩忠既死，宛城黄巾又推孙夏为帅，仍据守宛城。于是朱儁以孙坚为先登复攻宛城。那孙坚英勇善战，身先士卒，犹如天神下凡，所向披靡，加之从者前赴后继，黄巾大败。孙夏弃城而走，至西鄂精山，为追兵斩杀，又获级万余，余贼溃逃。那孙坚又领着朱治、程普一路追击至邓县，双方一场大战，全歼黄巾余孽，荆州乃定。
荆州黄巾的覆灭，意味着这场历时不到一年，却席卷全国七州，声势浩大的叛乱终以落败收场。
十二月，天子大赦天下，改元中平。诏减太官珍馐，御食一肉；厩马非郊祭之用，悉出给军。并封赏黄巾之乱中先策及有功之臣。
拜朱儁为右车骑将军，封钱塘侯，食邑五千户，加位特进。（特进为加官，无实职，朝会时位列三公之下）
前任太尉杨赐因先策有功，拜尚书令。杨赐拒不受官。于是又封其为临晋侯，以特进回府。
封孙坚为别部司马。
护军司马傅燮居功至伟，却因与中常侍赵忠有隙，受其构陷。刘宏虽知傅燮为人，不加其罪，却也仅封了个安定都尉。
至于其他州、郡平乱有功者具有金银赏赐或记军功薄。
而此前下狱的卢植因逢大赦，又得皇甫嵩上书陈情，官复尚书原职。董卓亦为朝廷所赦。
有人加官晋爵，自然有人激流勇退。徐州从事赵昱因不满朝廷将首功论于刺史巴祇，愤而辞官。
至于豫州刺史王允，先前谋诛十常侍不成。张让于是怀恨在心构陷其下狱。后虽逢大赦，旬日后又被张让寻了由头再度下狱。最终，得临晋侯杨赐、大将军何进、司徒袁隗联名上疏陈情，这才免了死罪，隐居乡里。
可正当朝堂之上意兴盎然，四海之内升平人瑞之时。此前未受黄巾波及的凉州却又生出事端来。
说起来，那凉州原本只是来自北地、安定及来自金城、陇西的两支羌人聚众作乱。消息传到朝廷，朝廷却未及重视。一来，凉州历来胡汉杂居，其中羌人又时常叛乱，朝廷早就习以为常。二来，天下方定，国库空虚，朝廷也无暇西顾。于是诏令州郡自行平乱。然而小洞不补大洞吃苦，任谁也不会想到，此后十数年间，东汉朝廷将完全丢失对于凉州的掌控。
令居县外，一支汉军旗帜的军队正在此处驻扎，领军的乃是护羌校尉冷征。数日前，他得了朝廷诏令，命他领本部兵马及湟中义从讨伐四郡叛羌。今日早些时候，他汇了湟中义从，便行军往金城方向。待到令居，已近入夜，于是下令安营扎寨。此时，他正在中军大营中研看地图。忽闻帐外传来一阵骚乱，于是问道：“帐外何事喧哗？”
恰有守营卫士入帐汇报，道：“禀校尉，军中有人斗殴。”
“走，去瞧瞧！”冷征二话不说，提起马鞭，便走出营帐，却看到一群士兵正扭打在一起。冷征当即怒道：“都给某住手！”
谁想，那群士兵早就杀红了眼，那里还听得进他说话。冷征于是对左右喊道：“来人，给我拿下。”便有两队士兵披甲执戟鱼贯而来，只片刻，便平息了骚乱。冷征这才看清眼前泾渭分明的两伙人，一伙是自己麾下官军，而一伙便是湟中义从中的胡人。
冷征本中原人士，对这凉州苦寒向来颇有微词，又为人倨傲，瞧不上取木为兵的羌胡。此时自然不会刨根问底，只冷冷道：“军营之中，聚众斗殴，尔等眼中，可有本校尉？来人，将这群胡人拖下去，军法伺候。”
却听到羌人中一人喊道：“将军，我等不服，是他们先动的手，何故只罚我等！”
那冷征冷笑一声，上前几步，便赏了那人一顿马鞭，一边道：“何故？尔等区区胡狗，也敢问我何故？”说罢，他手中又加重力道。却闻身后传来一句“住手。”
冷征回头一看，却见几人匆匆而来，为首一人，正是湟中义从军侯北宫伯玉。那北宫伯玉虽为汉人，然北宫家世居金城，又亲善羌胡，于羌人中威望甚高。但在冷征眼中却是与那般胡狗无异。于是道：“军侯意欲何为？”
北宫伯玉本也不怎待见冷征，奈何自己这湟中义从军侯之职却是受其节制，此时人在屋檐下，却是不得不低头，于是恭顺道：“禀校尉，此间之事，吾已有耳闻，乃因肉食之事，起了争执，这才动手脚来。本非什么大事，何必大动干戈，不如大事化小，以免影响士气。”
官军每顿皆有肉食，胡兵只得粟米，这正是他冷征安排，他自然心中有数。只见他轻蔑的瞥了北宫伯玉一眼，不屑道：“笑话，区区胡狗也配与我汉家儿郎相提并论，在某看来，便是粟米，也是浪费了。”
便是泥菩萨也有三分火气，莫说北宫伯玉自小生长西北苦寒。见冷征这般神情，言语之中又多有侮辱，他当下也是怒急，正色道：“在吾看来，此间只有大汉雄师，却无汉胡之分。大人出言轻慢，厚此薄彼，是非不分。难道这便是中原文教，官军气度？”
冷征见他出言相讥，却是使出惯用伎俩道：“轻慢？便让你晓得何为轻慢，军司马何在？”
那军司马却不知何时来的，从旁边出列道：“属下在。”
冷征道：“军营之中，冲撞主将，依军法该当如何？”
军司马素知北宫伯玉名声，此时显得左右为难，道“禀校尉，依军法该，该......”
冷征见其说话吞吐，显出些许怒意，坚定追问：“说！该当如何？”
那军司马朝北宫伯玉瞧了一眼，露出歉意神色，回道：“依军法，冲撞主帅，鞭三十，以儆效尤。”
冷征听罢，却对左右道：“将北宫伯玉及一众胡狗拖下去，鞭六十。”
鞭六十非同儿戏，便是不死，也得重伤，北宫伯玉此时虽已被两名士兵按住肩头，却挣扎喊道：“冷征，你滥用私刑，某定不轻饶你。”
眼看北宫伯玉被越拖越远，同为湟中义从军侯的李文侯开口道：“校尉，临阵施罚，恐损士气，不如...”他话未说完，却被冷征打断道：“汝欲连坐否？”
光和七年十一月，护羌校尉冷征轻慢兵士，滥用私刑，致湟中义从兵变。叛军斩冷征于令居，又汇合四郡叛羌，一路攻城略地，短短数周便攻占金城郡治允吾。金城太守陈懿出面安抚，却为叛军所害。
叛军又胁迫新安县令边允、凉州从事韩约入伙，并举边允为帅。后因朝廷通缉，边、韩二人分别改名边章、韩遂。
十二月，边章率叛军进击汉阳，围凉州刺史左昌于冀县。幸得汉阳太守盖勋来援，又因那边章、韩遂素敬盖勋为人，哭泣而去，这才解了冀县之围。
然而，凉州，已乱。