小智一行人在经过一段时间的旅途后，终于回到了常青市。当然，途经华蓝市的时候，小霞也回了一趟家。小智也见到了当初的杰尼龟军团的其它杰尼龟们，在经过华蓝三姐妹的调教下，这些杰尼龟的实力大幅度提升了。而小霞也更换了自己的宝可梦，把水伊布和刺甲贝换成了白海狮和杰尼龟。小刚则是日常犯花痴，被小霞揪着耳朵走了。
小智一进入常青市的宝可梦中心，就立马联系大木博士，要更换宝可梦，把大针蜂，化石翼龙，喷火龙，呆壳兽，哈克龙换来，再加上皮卡丘，小智以目前的宝可梦的最强阵容上场，对战坂木，小智不敢大意。
来到常青道馆，小智一行人就被穿着盔甲的门卫拦下来，小智开口点明来历：“我是真新镇的训练家小智，来向常青道馆的训练家挑战的！”门卫就让小智进入了，而将小霞和小刚拦在了外面，见状，小智明白了常青道馆的规矩。对小霞和小刚说道：“你们在外面等我。”说完，小智独自一人带着皮卡丘走向常青道馆内部。
坂木早站在道馆训练家的位置等待，见小智来到这里，开口说道：“你终于来了！”小智有些疑惑地问：“你好，坂木馆主，我们之前认识吗？”
坂木说道：“我们互不相识，但是你在玉虹市的游戏城，那运气……”小智明知故问道：“哦？那游戏城是你的产业？”
坂木拿出精灵球对小智说道：“小智，废话不多说！你是来拿绿色徽章的吧？来进行我们今天的正事吧？尼多王，去吧！”
小智见状也不废话了，也拿出精灵球，派出自己的宝可梦：“呆壳兽，决定是你了。”
“尼多王，使用角撞！”
“呆壳兽，避开后使用水之波动！”
尼多王冲向呆壳兽，但被呆壳兽躲开了，随后一发水之波动打向尼多王，尼多王受到了伤害，但还不至于直接失去战斗能力。
小智继续下令：“呆壳兽，给尼多王再来一次水之波动！”坂木看到后，不紧不慢地下令：“尼多王，避开，然后毒针。”
尼多王听到坂木的命令，立刻避开了呆壳兽的水之波动。然后凝聚毒针向呆壳兽攻来。
“呆壳兽，转身，用尾巴上的大舌贝挡住毒针！”呆壳兽见毒针攻来，立刻转身，利用大舌贝挡住了尼多王的毒针。
“好！”小智继续下令：“呆壳兽，使用念力控制尼多王，然后使用百万吨重拳！”
坂木听到小智下的命令，就知道自己输了。只见呆壳兽先用念力使尼多王不能动弹，接着一击百万吨重拳必杀，尼多王失去战斗能力。
坂木面无表情地收回尼多王，派出了第二只宝可梦：“巨钳蟹，你去。”小智见坂木的第二只宝可梦是巨钳蟹，也交换了宝可梦：“回来吧，呆壳兽，皮卡丘，第二场就拜托你啦！”皮卡丘很有气势地上场了。
“皮卡丘，高速移动！”听到小智的命令，皮卡丘灵活地在场地上奔驰着，使得坂木的巨钳蟹都快要被弄晕过去。
“巨钳蟹，泡沫光线。”坂木自然不会就这样被小智一招秒杀，虽然小智是他的侄子，放些水没关系，但他可是火箭队的老大，如果就这么轻易输给了小智，那他也就不要混了。巨钳蟹的夹子打开，从中心凝聚起泡沫光线打向皮卡丘，不过被皮卡丘灵活地躲开了。
“巨钳蟹，使出蟹钳拳吧！”
“皮卡丘，使用铁尾迎敌！”
小智打算硬碰硬，见坂木的巨钳蟹用出了蟹钳拳，便向皮卡丘发出指令。只见皮卡丘的尾巴和巨钳蟹的夹子碰在一起，产生了一些小火花，巨钳蟹和皮卡丘短兵相接，相互僵持不下。
“皮卡丘！就是现在，使用十万伏特！”小智下令。从皮卡丘身上发出强烈的电流，见状巨钳蟹想避开，可是已经来不及了，十万伏特的电流瞬间命中巨钳蟹，电得巨钳蟹失去战斗能力。
坂木表情淡定地收回了巨钳蟹，轻声道：“好朋友，我们很久没有一起并肩作战了。”摸了摸挂在脖子上的精灵球，对小智说道：“小智，你很强，按照三局两胜的规矩，我应该把绿色徽章给你的，但是，我现在不想这么做了。因为你已经成功地激起了我的热血了，所以，大针蜂，去吧！突破桎梏，回归原始，超级进化！超级大针蜂！”坂木把自己的大针蜂放出，之后更是直接超级进化。
坂木对小智说道：“小智，如果你能打败我的超级大针蜂，我就告诉你你的真实身份，所以，你将所有的宝可梦都放出来吧！”
小智满脸疑惑地看着眼前的坂木，问道：“我的身份？你是什么意思？”但此时的坂木并不想回答他，于是，小智也放出自己带在身边的宝可梦们：“出来吧！大家！”大针蜂，化石翼龙，喷火龙，呆壳兽，哈克龙，还有皮卡丘也上场了。
小智指挥道：“大针蜂，化石翼龙，喷火龙，哈克龙空中骚扰，呆壳兽，你和皮卡丘一起找准机会将大针蜂打得退出超级进化的状态。只要它退出超级进化的状态，大家一起发动攻击。”
坂木对自己的超级大针蜂说道：“大针蜂，让这位叫小智的宝可梦训练家吃点苦头吧！”
就这样，坂木的超级大针蜂和小智的宝可梦们战斗到一起，超级大针蜂凭借着速攻优势，将小智的宝可梦们只留下了大针蜂和皮卡丘，本来是只留下大针蜂要对他进行一对一的教学的，这是坂木暗中下的命令，但没想到小智的皮卡丘竟然还没有失去战斗能力。
坂木看到这个情况，直接将绿色徽章给小智，小智则一脸疑惑地看向坂木，坂木这才开口说出他的真实身份，以及小智的真实背景。听完，小智看向坂木，问道：“可是联盟……”坂木知道小智想问什么，对他说：“小智，你要明白，有光明的地方就会有黑暗，你所见到的道馆训练家中就只有深灰市和华蓝市的训练家没有加入到火箭队了，就连你之前挑战的夏伯也是火箭队曾经的四天王，并且跟你一起旅行的华蓝道馆出身的女孩……你应该喜欢她吧？”说完，坂木意味深长地看着小智。小智脸红地想解释，但不知道该怎么说，说自己并不喜欢小霞吧？还真有感觉；说自己喜欢吧？又害怕被她拒绝。坂木见状也就没有继续打趣小智了，对小智说道：“小智，你跟我来，我带你去看看火箭队的底蕴！”说完，转头又对大针蜂说：“大针蜂，你继续留在这里，给我好好地训练下那只大针蜂！它太弱了！”
小智将皮卡丘留在这里，让它看着大针蜂，随后，感激地看着眼前的坂木，对于坂木，小智心情复杂，他知道坂木其实是一个想要小银原谅自己的人，也知道小银是被城都地区的柳伯绑架的。但是小智并没有将这些未来的事告诉他，坂木对于小智的想法并不知情，他打开通往地下室的门，说道：“跟我来。”小智知道这是要去见超梦了，马上跟过去。