小智一行人继续旅行着，途经了小次郎的家，见证了小次郎和他的未婚妻鲁美嘉之间的恩怨情仇。
这天，小智收到了大木博士的电文，给大木博士打了个电话，电话里，大木博士因小智收服了化石宝可梦对小智说了一堆废话，并且告诉小智，大傻谷已经由于化石宝可梦的出现，被联盟重视起来了，未经允许不能通行。而后又和喵喵聊了一会儿，据喵喵报告，小智收服的那些化石宝可梦们把大木博士吓了一跳，最后还是喵喵制作了一个机器人，这才制服了化石宝可梦们。
几天后的路上，波克比也在小霞的期待中诞生了，小霞开心地抱着波克比说道：“好可爱啊！波克比，你好啊！”波克比高兴地叫着“jiaoduigvli！”小霞也收服了波克比，将宝石海星传送到华蓝道馆去了。波克比出生后，皮卡丘就化身为了保姆皮，基本上为波克比操碎了心。
这天，小智一行人碰到了一个背着登山包的大叔，要求进行一场宝可梦对决，小智自然是来着不拒当场派出妙蛙种子，大叔的宝可梦是一只独角犀牛，经过一场战斗后，小智的妙蛙种子快要进化了，痛苦地呻吟着，小智见状，二话不说，抱起妙蛙种子就朝宝可梦中心跑去，小霞和小刚也立刻追上去。
到达宝可梦中心后，时间已是傍晚。乔伊小姐经过一番检查后对小智说：“你的妙蛙种子没事，只是开始出现进化的征兆罢了。”
小智听完，说道：“它没事就好。”小智其实害怕自己的妙蛙种子不想进化，并没有很兴奋，小智很顾及自己的宝可梦们的想法，它们是自己的伙伴，小智尊重它们的决定，虽然小智有时候会给宝可梦们提些建议，如果宝可梦们不乐意，小智是不会去强求的。
然后乔伊小姐就和小智一行人聊起了天。介绍了有关妙蛙种子进化的传说：原来到了某个时期，妙蛙种子们就会从各处涌来，聚集在一块，举办进化的庆典。
小刚听到后感慨地说道：“看来我们即将迎接重要的时刻呢。”小霞这时突然问道：“进化是在哪里发生的？”看来很想知道进化的场地，毕竟这是一大奇迹啊。乔伊小姐笑着解释道：“在被称为不思议花园的地方哦。”小刚对这个地方感兴趣。乔伊小姐继续说：“可到现在为止还没有人见过那个地方，所以被人们认为是幻影呢。”小智则非常肯定地说道：“我相信不思议花园一定在某个地方。”
夜晚，小智一行人吃过晚饭，小霞和小刚开始休息，小智担心妙蛙种子可能要去不思议花园，所以没睡，一直看着外面。就在这时，小智看到妙蛙种子朝着花粉流动的方向走去。小智将小霞和小刚唤醒，抱起皮卡丘跟上妙蛙种子。
小智一行人跟着妙蛙种子跑了一段时间，四周突然长出许多藤蔓，把小刚吓了一跳：“这是什么？”小霞看着前方立刻说道：“你们看，这些藤蔓要把前面的路堵塞起来了。”小智知道这里就是不思议花园了，率先跳了过去。小霞和小刚也跟着跳过去。
小智一行人跳过藤蔓后，皮卡丘指着一个方向叫起来：“pika！”小智问道：“皮卡丘，怎么了？”不过小智一行人跑过去就看到下面平坦的草地上有很多的妙蛙种子，然后这些妙蛙种子就开始唱歌。就在小智一行人吃惊的目光下，正中央那棵巨大干枯的树开始成长，并且开出了大片的红花，就连地上也开出了许多小红花。看到这样的美景，小霞陶醉地说道：“真漂亮啊！”
不过，就在这时，地面突然开始震动起来。不一会儿，从树洞里走出一只妙蛙花。小智见到这只妙蛙花后，猜测它的实力已经距离神兽只有一线之隔。
然后庆典开始了，在妙蛙花的叫喊和妙蛙种子的回应下，妙蛙种子们开始吸收飘着的花粉，都进化成了妙蛙草。
小智知道自己的妙蛙种子是不愿意进化的，可是这里都是妙蛙草，小智猜测着：难道妙蛙种子并没有来这里？那它去哪里了？小智现在非常纳闷。
就在这时，天空传来火箭队的声音：“……（火箭队经典登场台词）”武藏一边说一边从热气球下伸出一根大管子，笑道：“哈哈哈，妙蛙草和妙蛙花我们火箭队就接收了。”小次郎随后按下一个按钮，管子就开始吸气，好多妙蛙草都被吸起来了。小智看到这一幕，担心地喊道：“妙蛙草！”就在这时，一只妙蛙草对小智开心地叫了一声“dana！”并且飞快地冲过来。
小智看到后，开心地问道：“你进化成妙蛙草了？”小霞和小刚也走过来恭喜小智。皮卡丘也和妙蛙草说着恭喜的话。
看到妙蛙花拖住了火箭队，小智对自己的妙蛙草说道：“好，妙蛙草，我们去帮妙蛙花，使出日光束！”在太阳升起的时候，妙蛙草开始吸收阳光能量，向火箭队的气球发射出去，打破了装着妙蛙草们的罩子，并且引爆了气球，妙蛙草们也都出来了，随后，妙蛙草们和妙蛙花使出了藤鞭，把火箭队打飞了：“好讨厌的感觉啊！”
事后，小智一行人也回到宝可梦中心，在和喵喵联系交换了宝可梦之后，又继续踏上了旅途。