小智一行人经过漫长的旅途，在今天终于来到马察市。由于在路上一直迷路，这时一行人坐在公园的椅子上，稍作休息后，但皮卡丘还显得很累，可达鸭也从精灵球中出来，小霞在一旁看着可达鸭纠结着。
小智一行人到达宝可梦中心后，就看到乔伊小姐正左一个电话右一个电话，非常地忙碌着，而吉利蛋也到处急匆匆地跑。小刚不解地问道：“发生什么事了？”乔伊小姐解释道：“是这样的，从早上就接到很多投诉电话，说是传送的宝可梦没有传送过去。”这时，一旁一个戴着老花眼镜看起来像科学家的大叔说道：“这不可能，这套传送装备是我亲自制作的，不管是硬件还是程序都是没问题的。”突然，那个大叔像发现了什么，立刻跑了出去。
乔伊小姐也向小智一行人介绍了那位大叔——秋叶原博士。并且拜托小智一行人去秋叶原博士问一下到底发现了什么。
小智一行人就在乔伊小姐的指路下来到秋叶原博士这里。这时，突然冒出秋叶原博士的头，把小霞吓了一跳。仔细一看，原来是影像投射器。随后，小智一行人就在影射器的指路下进入里面。
进到里面后，秋叶原博士就让小智一行人进入一个玻璃罩内，秋叶原博士对小智说道：“准备！”小霞一脸懵逼地问道：“准备什么？”随后，秋叶原博士就将罩子关闭，并且向小智一行人解释了原因：火箭队偷走了秋叶原博士制造的多边兽零号机，并且利用它来进入网络世界，宝可梦中心那些没有传送的宝可梦就是火箭队在搞鬼！
知道了原因的小智一行人就同意了秋叶原博士的话，秋叶原博士也答应事后会给一定的报酬。
就这样，小智一行人进入到了网络世界。小霞一边下降一边问道：“这是哪儿？”而小智则在一旁回答：“网络世界，我们已经进入到了网络世界。”不过，小智也不确定。毕竟这是件令人匪夷所思的事。小刚也急匆匆地说道：“好了，现在不是聊天的时候。”
小智也立刻派出多边兽：“多边兽，决定是你了。”多边兽一出现就接住了小智一行人，小智对多边兽说：“拜托你了，多边兽，带我们去找火箭队吧。”
随后就在多边兽的背上，一行人沿着一条路线开始前进。很快就到达了火箭队面前，小智立刻说道：“火箭队，又是你们！”
“……（火箭队经典登场台词）”
小霞也大声喊道：“火箭队，就是因为你们，宝可梦中心才陷入一片混乱的。现在立刻出去！”
喵喵是看到小智一行人立刻慌乱地说道：“又是你们这些小鬼头啊喵。”武藏和小次郎则是派出自己的宝可梦战斗：“上吧，阿柏怪，双弹瓦斯。”喵喵则很有气势地喊道：“在网络世界里展现出你们的勇气吧喵！”然后阿柏怪和双弹瓦斯就攻向小智这边。面对气势汹汹的阿柏怪和双弹瓦斯，小智对多边兽下令：“多边兽，三重攻击。”黄色，蓝色，红色三股交缠的能量形成三角状，直接把冲过来的阿柏怪和双弹瓦斯打了回去。并且三重攻击有一定的几率使对手灼烧，冰冻，麻痹的，不过这次没有触发。
喵喵看着小智的多边兽对武藏和小次郎说道：“我们也派出多边兽吧喵。”然后火箭队就派出了他们从树叶原博士那里偷来的多边兽零号机，而小智则是让多边兽继续战斗：“多边兽，再次拜托你了。”然后就看到多边兽零号机使出撞击向小智这边过来，不过，多边兽使用高速移动避开了，随后，一道黄绿色的信号光束打向了多边兽零号机。
小智这时对小霞和小刚说道：“小霞，小刚，我们一起趁着这个时间修一下线路，使宝可梦传送恢复正常吧！”因为小智知道时间紧迫，不然可能会被乔伊小姐弄来的疫苗消灭掉的，小霞和小刚也开始在小智的指辉下修线路，在小智一行人修线路的时候多边兽也顺势将多边兽零号机打趴下了。
这时，秋叶原博士也联系上了小智一行人：“不好了，你们赶紧出来吧，乔伊小姐已经请来专家，准备使用强力疫苗，再不来就要被消灭掉了。”小智一行人和火箭队三人组一听这话，小智将自己的多边兽收回，就立刻一起坐在多边兽零号机上逃出了网络世界。
逃离网络世界之后，火箭队三人组对小智一行人放了下狠话，就马上跑路了。小智一行人也懒得搭理他们，就去了宝可梦中心休息了一晚上。
第二天早上，小智一行人去了秋叶原博士那里领取了报酬后，就继续踏上旅行之路。