“小智！快醒醒！”小霞正呼唤着小智，皮卡丘也不停地在小智身边呼唤着。
这时小智悠悠转醒了“唔～小霞？”小智摇头晃脑了一会儿，彻底清醒了。“是我啦，小智。”小刚也说道：“小智醒了，太好了。”小霞接过话：“我们被困在圣特安努号上了，而且船正在慢慢下沉。必须想办法马上出去。”
小智借着小霞手的力量站起来说道：“所以我们必须想办法离开这里，不能坐以待毙！”
小霞这时想起来自己曾做过圣特安努号的模型，对小智和小刚说：“对了，我以前做过圣特安努号的模型，现在船已经翻过来了，那我们就不应该去甲板，而应该向船底走。”
小智也反应过来：“只要我们在船底开个洞，就可以逃出去了。”
小刚环顾四周，指着顶上的楼梯口说道：“是那个吗？”小刚随即派出大岩蛇：“大岩蛇，你来当楼梯。”而小智和小霞踩着大岩蛇上到了上一层，也就是实际圣特安努号的下层。随后小智一行人就这样在小霞的指挥下开始爬船之旅。
在路上小智也碰见了火箭队三人组，在形势的胁迫下，火箭队也放弃了和小智闹矛盾的想法，和小智一行人合作起来。
在两拨人马的合作下，终于来到了船底。小智放出了小火龙：“小火龙，就决定是你了，使用喷射火焰，烧毁天花板的铁板。”小火龙的嘴中喷出红色的高温火焰在船底转了一圈，异常坚硬的底板慢慢融化，乒乓一声铁板掉落，海水就开始灌了进来。
“回来吧，小火龙；杰尼龟，就决定是你了！”小智立马切换了宝可梦，用绳子将自己和皮卡丘绑在杰尼龟的身上。
“角金鱼，海星星，上吧！”小霞也派出了海星星，并把角金鱼借给了小刚。三人准备好后便在宝可梦的带领下向上游去。小霞临走前还不忘记跟火箭队说一下：“火箭队，你们也快点跟过来。”说完之后就没管他们了。
小智三人比较顺利地游到了海面，暴风雨过后的海面异常平静，天空也如同一匹蓝色的绸缎，白云刺绣其上。小霞有些担心地说：“火箭队，没有逃脱呢。”这时，小刚说道：“虽然我也很担心火箭队，可是我们现在也很惨啊！”小智则派出了比比鸟：“比比鸟，去看看哪里有陆地。”小智让比比鸟去找陆地，而比比鸟没过多久就把火箭队三人给带了回来。毕竟相识一场，总不能眼睁睁地看着他们沉于大海。
火箭队醒来后，就对小智一行人说：“我们虽然很感谢你们救了我们，但是我们是不会放弃抢得皮卡丘的。”小智冷淡地说道：“本来也没打算让你们感谢，要抢皮卡丘，也得看清楚自己的实力。”
小智让比比鸟再次出发寻找陆地，就这样，小智几人浮在海面上。小次郎突然放出那只鲤鱼王，越看越不顺眼，到最后破口大骂：“这只没有一点用的东西，给我滚一边去，我再也不要你了。”就在小次郎打算踢飞鲤鱼王的时候，小智笑着开口：“等一下，这只鲤鱼王我要了，交给我吧！”小次郎想都没想就将精灵球给了小智。小智收回鲤鱼王后，鲤鱼王就被传送回大木博士的研究所了。
又等了一会儿，小智派出去找陆地的比比鸟也飞回来了。这次没有找错，小智一行人就这样向着陆地游了过去。终于在傍晚时到达了陆地。而火箭队则分道而扬，毕竟不是一路人。
“那是什么？好大啊！”在上岸后走了一段路，小刚就看到远处有许多巨大的宝可梦。小智则眼尖地看到了电线，回答道：“应该是机械，你们看那边连着电线呢。”小刚通过观察，也发现了电线：“好像是。好了，现在开始做晚餐。”小霞则拿出自己的折叠钓竿准备垂钓宝可梦：“那我就开始垂钓，看看能不能钓到自己喜欢的宝可梦。”小智则打算四处转转，看一看能不能发现自己喜欢的宝可梦。
小智在岛上沙滩附近转着，没走多久，就在一块岩石上，发现了自己的目标——两只呆呆兽。“呆呆兽，我要收服你们。皮卡丘，十万伏特。”
呆呆兽是憨憨宝可梦，反射弧比较长，还没反应过来就中了一道黄色的电流。“去吧，精灵球。”然后小智丢出了两个精灵球，收服了两只呆呆兽，并把它们传送回大木博士的研究所。
收服两只呆呆兽的小智，达成目标后就回去了。走到小霞这边，小霞也正在收服大舌贝：“海星星，给大舌贝最后一击，冲击，好，去吧，精灵球！”丢去精灵球后，一下就收服了。小霞看到小智回来了就高兴地说道：“小智，你回来了，你看我也收服了一只大舌贝。”
小智恭喜小霞，随后便拿出之前和小霞第一次见面的时候小霞送的钓竿，也开始钓起了宝可梦。
小刚的声音就在这时传来：“吃饭了。”小智将自己的宝可梦们放了出来，看着自己的宝可梦伙伴。小
智在吃饭的同时也开始回忆起了过去。
吃完了晚饭后，大家闲着没事做。于是，在清亮的月光下，小智和小霞继续垂钓起宝可梦来。小刚则负责收拾东西。
看着小霞接二连三地钓上来的大舌贝和海星星，小智这边却什么都没有钓上来，小智不淡定了，见小霞再次钓上了一只海星星，小智喊了一声：“等等！这只海星星，我要收服。”小霞听到后，赶紧将钓竿递给小智。小智迅速派出妙蛙种子：“妙蛙种子，就决定是你了，使用藤鞭，把海星星拉上岸。”妙蛙种子熟练地用藤鞭将海星星拉上岸，海星星也使用了水枪，不过，对妙蛙种子效果不明显，最终还是被拉上岸了。
小智见海星星上了岸，继续对妙蛙种子下命令：“妙蛙种子，飞叶快刀。”飞叶快刀准确的命中了，海星星在受到两次草系技能后，直接失去战斗能力。小智见状立刻丢出精灵球，将海星星收服了，再次传送回大木博士的研究所了。
见天色不早了，小智和小霞也没有继续垂钓了，收拾一下就睡觉了。
第二天早上，小智一行人离开了这个地方，继续踏上旅途。