当凯撒把高卢变成高卢行省后没多久，罗马就传来消息东征帕提亚的克拉苏战败身亡，为了平衡权力，元老院拉拢了庞培，庞培就任执法官后，随即下令追查跨度达20年的反贪污法案，专门针对凯撒和他的铁杆同盟，许多人因此遭到迫害，他们纷纷赶往高卢提出警告。凯撒向刘叔问计，刘叔只说了一句“将在外君命有所不受”，此时虽说情形对凯撒不利，凯撒依然不打算激化矛盾，他公开赞扬庞培的的行为，并向元老院展现自己的诚意，私底下则收买保民官们促成法案，使自己可以缺席参加执政官竞选，确保不会因贪污诉讼和政治打击而被彻底斗倒。
在完成反贪污法案的推进后，庞培主动放弃了独一执政官殊荣。随即推举岳父梅特路斯·西庇阿作为同僚上任，与自己共治到任期结束，元老院立即给庞培延长总督任期，并增加2个军团的调度特权。激进的反凯撒执政官马塞拉斯则拒绝凯撒提出的总督延期要求，接着又直接取消凯撒授予新考姆城的罗马公民权，并对前来讨要说法的城市行政长官施以非公民刑罚，还不断让这个人去找凯撒告状，以示羞辱和挑衅。
然而刘叔背后的势力早提醒过凯撒，庞培已经和元老院结盟了。于是凯撒收买了执政官保卢斯，使其保持中立，还替保民官盖乌斯·斯克里伯尼乌斯·库里奥偿还巨额债务，使其成为自己的党羽，在凯撒总督任期结束前，执政官克劳狄顺势提出安排继任者去接替，但却没有得到广泛支持。罗马的内战似乎不可避免，凯撒在最后时刻仍旧想争取时间，但铁了心的元老院已完全不为所动，直接宣布凯撒为全民公敌，同时元老院安排卢修斯率4000新兵北上接替凯撒职位，自知性命难保的安东尼、库里奥和卡西乌斯等人，便化妆成奴隶，藏在车中逃到北方，他们的狼狈模样又被凯撒加以利用，展示给士兵煽动好战情绪。
恺撒带军团到国境线卢比孔河，并渡过卢比孔河，开启了罗马内战。凯撒这边大约拥有十个军团，除此还有大批亲罗马的蛮族部队，凯撒和刘叔在高卢经营多年，粮草已经备的足足的，并且凯撒手下手上久战之兵，面对北方凯撒大军的咄咄进逼，元老院和庞贝主动要求罗马的新军向南撤退，直接就放弃了罗马城，转而进驻半岛东南的海港布隆迪西乌姆，一些来不及迂回的大队，则索性直接坐船横渡亚得里亚海，到对岸的伊庇鲁斯希腊组建反攻大营，更多使者则被同时派往四面八方，去向外省驻军和当地的同盟国君主下达集结令。
在一切布局完成之前，庞贝还是选择留在布隆迪西乌姆。由于手头的兵力已减少到不足1个完整军团，他还下令释放和武装奴隶来为自己作战，但凯撒却不准备给他多余的准备时间，在获得从高卢地区跟进的援军后，凯撒始终在最前沿区域维持着3个最精锐的老兵军团，同时在南下过程中，直接收纳兼并了3个新组建军团，当发现庞贝继续躲在东南沿海拖延时间，凯撒就调集大部分力量对其实施围困。此时，庞贝才意识到自己因决策失误而陷入危局，尽管凯撒不断派人来城中劝降，但他知道自己不可能就这样轻易屈服，为了不让对手轻易冲入海港，就下令以各种隐秘工事加强布隆迪西乌姆的防务。
眼看自己的退路被完全封锁，庞贝让人搜罗出那些停泊在布隆迪西乌姆的商船，将之改造为临时的高塔战舰。庞贝的士兵在船上搭建三层楼高的瞭望塔，并大量赶制弩炮等远程机械进行武装，这些高塔战舰用大量的弩炮、投石和弓箭进行投射，严重阻碍围攻者的进度。凯撒方面依靠着数量优势，不断以人力物力进行补充，缓慢地完成水路封锁，经过大约9天的不断胶着，即将把布隆迪西乌姆的出海口给彻底堵死。庞贝见形势危急，就决心从布隆迪西乌姆突出重围，他事先留下部分轻装士兵和精锐老兵，继续在城墙上维持坚守假象，私底下则将全部的士兵送上船队，准备在夜间冲出封锁线，但城中的居民却出于自保目的，不断跑到高处向凯撒方面呼喊消息。
庞贝手下少量留守城头的士兵，利用提前准备好的小船与舰队会合，然后顺流向着浮动工事冲击。由于航道拥挤，有几艘大船直接撞上了木筏，并因深深嵌入其中而不能脱身，这些船上的士兵与迅速跑来围攻的人激战，直到弹尽粮绝才选择集体投降。但庞贝和更多部众还是顺利冲过阻拦，头也不回地驶入亚得里亚海，至于他们先前设下的大量防御工事，也给凯撒的手下以很大麻烦，虽然经城中居民指点，入城部队很清楚陷阱位置，但为了拆除和绕开，还是花费了很长时间。
恺撒兵不血刃的进入罗马城后，要求剩余的元老院议员选举他为独裁官，并决定歼灭庞培留在西班牙的主力，约7个军团，这样就能保障后方的安全和掌握战略主动权。凯撒率领6个军团进军西班牙北部，他发现并利用对方防御薄弱的地域，将庞培军队包围在伊莱尔达，失去首领的庞培军团未作认真抵抗即缴械投降，恺撒占领了整个西班牙；同期，恺撒部将德西乌斯·布鲁图斯和特雷波尼乌斯在马西利亚之围中获胜，攻克了与庞培派合作的希腊马萨利亚城邦。
随即恺撒进军希腊，凯撒的部队与庞培的部队，在迪拉基乌姆相遇，恺撒军试图建造工事包围庞培军。但是凯撒手下的2个高卢贵族军官，因被人揭发贪污军饷而选择叛逃，庞贝也因他们泄密而知道凯撒大军的安全隐患，庞培袭击了凯撒的部队，使之伤亡4000人以上，凯撒军队迅速撤去。凯撒败北后找到刘叔，问道“为什么这次上帝没有站在我这边？”刘叔说道“那是因为你还不够虔诚！”凯撒说“怎么才能变法我的虔诚？”刘叔说道“拿下埃及，上帝需要《摩西五经》和《亡灵书》！”凯撒点头表示会办到此事。
于是凯撒再一次带着自己2.5万最精锐的部队与庞贝决战法萨罗城。由于兵力充沛，庞培只用罗马士兵组成的主力战线，就能对凯撒方面形成2:1的人数优势，他将自己最心爱的奇里乞亚军团放在右翼，并用数个从西班牙撤来的大队对其进行加强；西庇阿的2个军团，负责大军中路，余下几支从意大利带来的部队，依次排列在左翼。所有军团都按经典的前后三线部署，每一线的纵深更是超过日常规范，以防出现溃逃，此外，庞培还有大量的同盟军可供差遣。面对庞培的布阵，恺撒也针锋相对地布置了己方军队，他派安东尼负责紧靠河岸的左翼，并派出一些来自埃托利亚的希腊轻步兵予以支持，中路的军团则由可靠的部将德米特里乌斯执掌，自己和最精锐的老兵居于右翼方向，由于兵力少于对手，恺撒派的阵线厚度明显比共和派薄弱。
部署完毕后，双方间留下的距离刚好够双方步兵发起冲锋，但是庞培事先命令士兵不得出击。凯撒不明所以就问刘叔，“对面是怎么了？”刘叔冷笑一声“他的兵多，所以他想用疲兵之计让你的士兵耗尽体能。”凯撒秒懂，立刻叫停了自己这边的冲锋，并重整了队伍，双方就在集体沉默中对视许久。过了一会双方的会战终于正式开始，中路的恺撒军在举盾顶住了几轮标枪齐射后，以更快速度掷出手里的武器，接着就拔剑撞入敌方阵线，常年的边区锤炼，让他们很快就迫使庞贝的第一线部队支撑不住，被迫换上二线人马替代。
很快，庞培军左翼的由拉比努斯领导的骑兵向恺撒军右翼发起了冲锋，大量投石兵和弓箭手紧随其后，成功击退了对方右翼中主要由高卢人和日耳曼人组成的骑兵以及轻步兵部队。但是，当遇到恺撒的精锐重步兵组成的第四线部队自侧面袭来时，拉比努斯的骑兵被击退了，恺撒事先要求其士兵径直冲向敌人，并将长矛戳入骑兵的面颊，而不是像通常那样把其作为标枪投掷出去，这种凶残而近乎不要命的攻击方式让庞培军骑兵大为惊恐，他们溃退到了周围的山脚下，投石兵和弓箭手则被丢下，孤立无援地被歼灭。
刘叔在高处打出旗语，击退庞培军骑兵的恺撒军第四线步兵又调转矛头对上庞培军步兵阵线。原本被庞培寄予厚望的本土希腊人，早已被刘叔布下的鬼打墙影响，在接战前便调头逃跑，同时还不忘发出己方已经战败的哀嚎，并将营地内的许多财物席卷一空，而此时的庞培军主力阵线，还在中路的鏖战中苦苦支撑，由于希腊盟友的瞬间开溜，左翼的军团已开始坚持不住，但凭借顽强的意志和严格的纪律，始终在稳步后退中临危不乱。此时，恺撒将第三线部队投入了战斗，几乎同时，由于骑兵的溃败和希腊盟军的逃跑，恺撒的第四线部队得以转向开始从侧翼进攻庞培。面临两面夹击的危险，庞培预感到失败已不可避免，因而逃离了战场，失去统帅的共和派军队溃不成军，大部分人惨遭合围，余下的人也惊恐万分地逃入营地求救。
庞贝带着心腹与家眷一路狂奔，头也不回地来到海边，登上3艘来自罗德岛和推罗的三列桨座战船，最后他决定赶往埃及，去向曾接受过自己支援和恩惠的托勒密王朝求援。而托勒密王朝害怕这块烫手山芋会招致恺撒与罗马的武力惩罚，又有意巴结新贵恺撒，于是托勒密十三世派人杀死了庞培与随行的所有人，并在不久后将庞培的项上人头献给了追赶庞培而来的恺撒，恺撒则宣布埃及王位由托勒密十三世与他的姐姐克利奥佩特拉共享，此举正巧惹恼埃及人，恺撒带领第六军团加上援军，彻底击败埃及军，托勒密十三世也莫名奇妙的阵亡了，克利奥佩特拉则顺利的登上了埃及的王位，刘叔拿到《摩西五经》后，为了怕落人口实，就放了一把火，对外则称是恺撒士兵所发射的火箭命中了亚历山大图书馆，60多万本书也毁于一旦。