果不其然，秦灭六国没多久开始进兵百越，百越有很多分支，包括吴越、扬越、东瓯、闽越、南越、西瓯、骆越等等众多越族支系，《吕氏春秋》统称这些越族诸部为百越，百越之地多金珠，犀角，象齿，翡翠；越人断发纹身，和中原语言不通。
始皇命大将屠睢率50万秦军分五路进军，平均一路10万，一路攻取东瓯和闽越，两路攻南越，其余两路攻西瓯，始皇还下令挖通灵渠以便运粮。秦国出兵当年就攻下闽越随即在此地设置了闽中郡；然而在攻打西瓯时，西瓯王译吁宋带领越人强烈反抗，秦军三年不解甲驰弩，仍是伏尸流血数十万，主将屠睢也中伏身亡；秦军水土不服，又疾病流行。
始皇遂任命任嚣为主将和赵佗继续进攻西瓯、骆越各部落，同年完成了平定岭南的大业；越人主要兵力都被秦人在几年内杀光，青壮年悉数战死，剩余的百越人口退往南方的交趾和附近的山脉，整个岭南由此划入了秦朝的版图；始皇将岭南地区设桂林，象，南海三个郡，并且设置南海尉管理岭南军队，以防越人死灰复燃！为了让新占领地区得以汉化，秦国又开始向南移民，从北方带了很多戍卒、罪民、百工和楚人居住在岭南。
在秦军就快攻下岭南时，燕地有方士卢生进献图书曰“亡秦者胡也”，于是始皇又派大将蒙恬率三十万秦军北击匈奴。自周起，戎族就开始威胁中原王朝；周幽王烽火戏诸侯后，犬戎部落更是攻陷了镐京，迫使平王东迁。赵国名将李牧曾出动战车1300乘、骑兵13000人、步兵5万、弓箭手10万与匈奴大会战，大破匈奴十余万骑，从此匈奴十余年不敢南犯。秦灭六国后，匈奴又发展起来并联合代国等来势汹汹说要为六国复仇，匈奴军中更有不少六国旧臣。
蒙恬领军自上郡出发，经榆林进入河套北部，另一部军由义渠萧关之道进入河套南部，两军会师，攻击散落的匈奴部落，都未遭遇重大抵抗。到年末初冬，秦军已经将河套地区的匈奴部落全部扫荡肃清，匈奴残部向西北方向渡河而逃。第二年春，蒙恬主力军由九原渡过黄河，攻击高阙与陶山，一部军西渡黄河进入贺兰山脉，匈奴害怕秦之兵威，向北远遁。于是秦赵原本被匈奴侵占之地全部恢复，蒙恬也从此开始了十余年的守边。
始皇随后在河南地设置了九原郡，置三十四县，并北迁三万民户，开发河南地；为了更好防御匈奴人南下，秦朝下定了以墙防骑的防御方针，下令全面修复原秦赵燕修筑的长城；并将之前六国长城相连，形成了一道西起临洮东至辽东的万里长城。头曼单于被迫退出了阴山和贺兰山高地，北撤七百余里，退到阴山以北的漠南一带游牧。
这时候萧何已经是沛县主吏掾，管理人事和文书等官员，曹参当了沛县狱掾，管理牢狱，夏侯婴成了县府马车手，刘季急得抓耳捞腮后来总算靠着些门路当了个亭长，刘季有一日被征发到首都咸阳做工，在路边正好始皇的车队从眼前经过，刘季轻声嘀咕了一句“大丈夫当如是也！”回到沛县后又是一顿吹嘘。
吕公自来沛县，靠着庞大的财物与沛县县令成了好友，刘叔也曾看望过吕公一家，只是每次二小姐吕雉的眼神总似有话要说。一日吕公请刘叔到了后堂，吕公看了看刘叔说“公子容颜未老啊！对了，还未感谢公子之恩，有一本姜太公留下的《太公遗录》今日就赠与公子，此书送于公子也算宝马赠英雄了。”刘叔翻来一看，太公果是元始天尊关门弟子，与十二上仙同为师兄弟，本应该成就第十三上仙。后被元始天尊派下山辅助贤君周武王姬发反商伐纣，代理封神；并奉法旨敕封365路正神，自己却无福成正果，只能得享世间富贵，最终老死，堕入轮回。刘叔心想元始天尊门下十三上仙不做，却要手使无饵直钩让愿者上钩，自己却堕入轮回，真是百思不得其解。
吕公又赠与刘叔一套竹简，则是吕不韦的经商之法。刘叔也翻了一下，当翻到一半时停住不动，原来上面写着在赵国吕不韦家一次饮酒宴会之上，子楚被不韦的舞姬赵姬吸引，请求吕不韦送给他，而赵姬当时已经有了身孕，赵姬有反应吕不韦早已知晓，但是子楚既然开口，吕不韦就半推半就的把赵姬送给了他。
吕公一边看着也不开口，刘叔看完后，吕公又说“公子可曾婚娶？”刘叔尴尬的笑了笑，知道吕公所想，但只能推诿道“不曾！吕公也看出来我出自道门，我也一心向道，此生只愿升天长生，自然不会把心思放在凡尘俗世中。”吕公听言也是点头，刘叔就拜谢过后，离了吕府。
刘季自当了亭长之后春风得意，虽然刘季也一直没有婚娶，却和一曹姓女子生了一个私生子，取名刘肥。这一日县里的巨富吕公做寿，沛县县令是吕公的好友，自然要来祝贺。刘邦认为这是个拍马屁的好机会，也准备来看看，当然了祝寿是要包金送银的，谁包的多就可以上座。刘季见来了不少好友也想漏个大脸，就大摇大摆高喊“泗水亭长刘季，贺万钱！”顿时这一喊引起了众人的好奇与轰动，而负责收礼的萧何见是刘季，也不好抹了他的情面，阻止他入内；吕公听闻有人出一万贺钱也是吃惊，什么人如此豪迈？这可不是一笔小钱，赶紧起身出门相迎。出门一见是刘季倒愣住了，萧何上前说刘季是拿不出那么多钱的，吕公却说十分佩服刘季的豪迈让他上座。
席宴过后吕公把刘季单独留了下来，问道“刘叔是你什么人？”刘季心不慌，眼不跳的说道“是在下远方表亲。”吕公也是呵呵一笑，也不知是信还是……吕公又说“刘季啊，你可曾婚配？”刘季摇头，吕公又说:“老夫有三个女儿，我的次女吕雉今年十八，生的国色天香，常觉一般人配不上她，所以一直也没婚配，不想她今日倒看上了你，说你有大富大贵之相，不知你愿不愿意娶她为妻？”刘季惊道“我年已四旬，怎敢耽误佳人？”吕公又说“你只要点头答应就行。”刘季只是一个小小的亭长，又没有婚娶，这有天大的好事如何不应，就满口答应下来，于是吕公就把吕雉嫁给了刘季做妻。
没过多久楚地隐士楚南公放出谶语:“楚虽三户，亡秦必楚！”
不久又传出始皇嬴政修建陵墓时怪事频出，有方士言是孔家影响了陵墓的风水，于是始皇派兵将孔林里的树给砍了，还挖坑引水，试图将孔林淹没，破坏孔林的风水，刘叔当年送给孔家一张符纸，此时接到孔家求援，就去了一趟孔府，后来据说秦兵挖坑引水后，这水却源源不断的涌出，被当地人一传十，十传百，说是圣水！孔府也成了大家争相膜拜的地方，这自然是刘叔使用风水之术而为。
不久又有人提及五德终始说，甚是得到始皇的认同。始皇认为秦是水德，周是火德，水能克火，因此秦能得天下。
从齐燕来的儒生方士们把儒家的封禅也作了改头换面的修改了一遍，盛传自古帝王莫不举行封禅典礼。始皇帝秦始皇于是连续到东方沿海，江淮流域以及北边等地巡游，所到之处，无不刻石颂其功德。
始皇年长后渐渐迷恋长生不死之术，笃信命数。又听说海上有蓬莱，方丈，瀛洲三座仙岛，那是神仙居住的地方，岛上有不死之药，服后便可长生不老。秦始皇想成为长生不老的神仙，卢生，韩终，徐福，侯生这些方士便都投奔秦国，可是徐福等人入海寻找仙药多年，花费了很多时间和钱财却也没找到。
始皇又使燕人卢生，高誓等求仙人踪迹，后来又使韩佟，侯生求仙人不死之药。对于秦始皇这种行为，不少儒生进行劝谏，要求实行分封宗室子弟为诸侯的政策，相国李斯竭力反对；始皇帝认为书生误国，于是下令全国各地焚书，规定史书非秦纪皆烧之，天下敢有藏诗、书、百家论者，悉诣守，尉杂烧之；有敢乱语诗、书者，杀之弃市；以古非今者，灭族；官吏见知不举者与同罪。令下三十日后不烧者，施黥刑为城旦；准许保存者，医药卜筮种树之书；若愿学法令，则以吏为师；于是诸子百家弟子门徒多遭坑杀。
不久始皇又下令，为防止人民反抗而尽收天下之兵器，铸成之十二个大铜人像，即十二金人。