陈义略回到国内后，收拢尚在国内的抗清力量，又拉起了一支抗清武装，占据北部湾里的龙门岛做为抗清基地。陈义略在龙门岛的抗清声势日隆，很多南明军人和不堪忍受满清压迫的汉人纷纷投奔，力量最壮大时有部众近万人，大小战船一百多艘。龙门岛抗清义军还经常出兵袭扰钦州、海口等州府，并且与郑氏延平王府和后来反正的三藩偶有联系。就这样，陈义略率领的龙门抗清居然坚持了大约二十年。
后来，抗清力量逐渐势微。随着三藩平定和郑氏延平王府降清，陈义略领导的龙门义军成了真正的遗民孤军。龙门岛也实在无法继续坚守，于是陈义略率领龙门三千义军和五十首战船出海南征，最后在越南南部阮主控制的广南国安顿下来。陈义略带领义军在湄公河流域筚路蓝缕，垦殖土地，尽心经营，经过三十年的努力，建成了越南南部最大的城市嘉定府，越南朝廷封陈义略为“嘉定都督”。这个嘉定府就是后来的越南西贡，现在叫胡志明市。而陈义略也开创了中国军事移民海外的壮举，随他来到越南的义军部众就是越南明香人的祖先。
就在陈义略率领大部分义军奔赴海外的同时，龙门岛也有一部分义军不愿离开。陈义略就安排部将方云和朱泉带领留守义军，继续在龙门坚持抗清。陈义略离开龙门岛时，可能自知再难返回，就将沐天波讲述的关于落日天机的故事倾囊告诉了方云和朱泉，并且叮嘱二人在合适的时候赴鹳雀楼破解天机。但是不知什么原因，当时陈义略并没有将落日古画传授给方云和朱泉。
在陈义略率众军离开后，留守在龙门岛的义军只有一千人左右，再也没有力量袭扰州府，而是专心耕读渔猎。而附近州府清军也慑于往日龙门军威，不敢前来剿灭。就这样，双方达成了暂时的默契和平衡，有七八年间相安无事。
再说说，三千年来的死对头参水猿。在大明一朝，天机一直在皇族贵胄间代代传承，参水猿自是无力争夺，只能偷偷潜伏下来，沉寂了逾三百年。但是他们一直没有放弃对天机的觊觎，一直在寻找机会，意图夺取天机。在明亡清兴的鼎革之际，参水猿的首领在关外趁势加入清军，成为汉军八旗的一位下层军官，并且在绞杀南明诸王的战争中奋勇拼杀，累军功成为了总兵。在西南各省率军征战时，他也不忘留心打探关于天机的消息。经过多年打探，他总算得知，天机由沐天波传给了陈义略，而陈义略已离开龙门岛远赴海外，他做为一名总兵无权带兵赴海外追杀。但是，留守龙门的方云和朱泉成了他夺取天机的最后机会，他寄希望于陈义略可以把天机留在龙门。于是，参水猿的首领请求朝廷允许他率军剿灭龙门岛，并且悄悄将参水猿全部主力悉数调入自己军中，妄图毕其功于一役，一举夺取天机。现在想来，不得不佩服陈义略的思虑周全，如果当时把落日天机古画留在龙门，后果真的不堪设想。
自从沐天波把天机传授给陈义略后，陈义略无论身处龙门还是海外，无论军旅生涯多么困顿，他也一直在留意关于参水猿的消息，时刻提防着来自于参水猿的攻击。终于，参水猿首领欲进攻龙门而不同寻常的调兵遣将露了马脚。经过细密探查，陈义略查明这位总兵就是参水猿的首领，而参水猿正在调集全部力量，意图全歼龙门义军。在这样的情况下，陈义略决定亲率大军救援龙门。
再回过头来说，留守龙门的方云、朱泉二人。他们七八年间虽不再袭州扰府，但是毕竟是军人出身，警惕却一刻也没有放松。放出暗哨眼线，一直在高度戒备清军的动向。所以，方云、朱泉虽然不知道是参水猿要全力绞杀龙门，但是也清楚无误的得到消息，这一次清军誓要铲除龙门义军。他们一方面把消息派人联络告知陈义略，一方面做了周全的准备，誓与龙门共存亡。
在方云和朱泉安排好这一切后，把他们二人的儿子，已经成人并且辅助二人镇守龙门的方抗清和朱复明叫到身前。他们对儿子细细讲述了天机的来龙去脉，要求二人速速驾船离开龙门，去海外寻找陈义略，一方面寻求支持和庇护，另一方面择机破解天机。方抗清和朱复明坚决不同意抛下老父亲而自己偷活，执意要走也是一起走。方云和朱泉赶不走自己的儿子，而他们自己也不愿意流亡海外，所以最后父子四人达成约定：如果在龙门保卫战中，方云和朱泉战死，方抗清和朱复明必须带领幸存孤军赴海外投奔陈义略，一是保全族人，二是传承天机。方抗清和朱复明没有办法，只能含泪答应下来。
清康熙二十九年，也就是公元1690年，春天，参水猿依托清军对龙门岛发起攻击，龙门保卫战正式打响。三千清军从四面对驻守龙门岛的一千孤军发起攻击。清军虽然人多势众，但是大多是关外汉军八旗，并不习水战。而龙门孤军虽然人少，但众志成城，且常年操舟驾船，水战娴熟。双方竟也战成势均力敌，整整十天清军未能登岛。参水猿首领恼羞成怒，调集红衣重炮，在第十一天对龙门岛进行了炮火袭击，致使孤军死伤惨重，幸存者仅十有其三。也是在这一天，方云和朱泉身负重伤。
夜晚，龙门岛已被清军战船团团围住，突围已无可能。方云和朱泉做出了最后的决定，在午夜时分，他们二人亲率由二百多人组成的死士队，分架几十支渔船，趁月黑风高摸上清军大船，找到红衣重炮所在，点燃船上炮弹。接连间，几十艘清军大船被炮火炸毁炸沉，龙门岛被火光映照的亮如白昼。直至天蒙蒙亮时，围困龙门岛的清军，连同参水猿首领，全军覆没。从那以后，参水猿再也没有消息，甚至华家和心家一度认为在惨烈的龙门血战当晚，参水猿被连根拔起，永远消失了。直到二十年前，参水猿袭击明香，这个宿敌才再度出现。
方云和朱泉率领的死士队也是全部殉难，无一生还。方抗清和朱复明看着海面上漂泊的死士尸首，痛哭不已，几度昏厥。后来，幸存孤军用了一整天时间打捞死士尸首，并连同所有龙门保卫血战阵亡的将士，一起合葬在龙门岛最高处，立牌“龙门义士之冢”。
收拾停当，方抗清和朱复明带领幸存的几十人，乘船扬帆出海，一路往南去寻找陈义略。走到海南岛最南端洋面，他们刚好遇到了率军来救援的陈义略。
方抗清和朱复明原以为可以随陈义略远赴海外，没有想到，陈义略却将传承并破解落日天机的重任正式传于他们，从此也开始了两家族和落日天机三百多年的跌宕起伏的传奇故事！