固守在观音寺城的六角义贤、六角义治父子二人在得知箕作城以及和田山城陷落、吉田一门大部分阵亡的消息后感到惊恐万分，观音寺城的里里外外更是惶惶不可终日。
这才两军正式交战多长时间？三千余守军驻守的箕作城，才一天的时间就被织田军攻落，和田山城的守军更是不战自溃了。
其实，最令六角义贤、六角义治父子惊讶的还是吉田重政。
因为吉田重政曾与六角义贤交恶，并一度出奔至朝仓家，而后经朝仓家的斡旋才重返南近江，再度出仕六角家。
按理说，吉田重政的忠诚度应该要比六角家的其他重臣低一些。但实际上，吉田重政与率部逃离箕作城的建部秀明刚好形成反比，他反而率一门上下为六角家奋战至力竭切腹为止。
但惊恐归惊恐，六角义贤、六角义治父子还是赶紧下令池田景雄率三百余军势再一次出城，意图袭扰织田军的侧翼，意图延缓织田·上杉联军对观音寺城的攻击。
结果，池田景雄在才出城不久就被坂井政尚所部击退。其中，坂井政尚之子坂井久藏更是在击退六角军的过程中表现相当活跃，获得织田信长、足利义昭二人所赐的感状以及太刀。
之后，织田信长就迅速将本阵移至箕作城，并下令织田军各部准备对六角家本据观音寺城发起勐攻。
六角义贤、六角义治父子自知难以抵御织田·上杉联军的勐攻，就只好放弃本据观音寺城逃往鲶江城，而后暂转逃往甲贺，甚至一度逃进了尹贺国来躲避织田·上杉联军的追击。
可六角义贤、六角义治父子并不知道，他们这一走就再也无法返回观音寺城了，更无法恢复六角家在近江一国的影响力。
于是，织田·上杉联军就这样兵不血刃的夺取了观音寺城。
在六角义贤、六角义治父子放弃观音寺城后不久，散步在观音寺城周边的十余座支城兵砦很快得知了主君弃城而逃的消息。他们再也没有继续抵抗下去的信心，便纷纷向织田·上杉联军开城投降。
就连六角家重臣进藤贤盛、后藤高治、永原重隆、平井定武、高野濑秀隆、高宫宗光、池田景雄、山中俊好、山冈景隆等人也先后向织田·上杉联军投降，并主动担任先导役，为织田·上杉联军引路。
至于六角家重臣蒲生贤秀倒是在六角义贤、六角义治父子逃往甲贺后，仍然在自己的居城日野城笼城固守，准备为六角家尽忠。
不过，织田信长深知兵贵神速的道理，并不想在一座小城上浪费太多的时间，以免让三好一族腾出手来加强在山城、河内、大和、摄津、和泉等国的防备。于是，织田信长就派遣与蒲生家有姻亲关系的神户具盛前去劝降蒲生贤秀。
自知六角家众叛亲离、大势已去后，蒲生定秀、蒲生贤秀父子二人为了家名存续所考虑，只好交出年仅十二岁、才元服不久的蒲生氏乡为人质，向织田·上杉联军开城投降了。
在蒲生定秀、蒲生贤秀父子开城投降后，织田信长就让浅井长政率五千余军势入驻箕作城、观音寺城等地，以防六角义贤、六角义治父子发起反扑。
虽然织田信长让浅井长政来驻守南近江的箕作城、观音寺城等重镇要地，但这并不代表他真的完全信赖浅井长政。在织田信长看来，浅井长政在自己上洛初期都不肯出力攻打六角家，就更别说后面与三好家交战了。
为了避免浅井长政暗中与三好家有所往来，导致织田上杉·联军被切断粮道以及退路。织田信长只好请随同自己出阵的足利义昭与上杉军大将色部胜长、斋藤朝信、直江景纲、安田长秀、黑川清实等人进行交涉，希望上杉军能分出一部分的兵力，来留守长光寺城、川守城、永原城、浮气城等地，确保联军的退路以及粮道安全。
色部胜长、斋藤朝信、直江景纲等上杉军诸将在商议了一番后，还是同意了织田信长的请求。毕竟他们暂时与织田信长是一根绳上的蚂蚱，万一联军的退路以及粮道被切断了，那么信浓众、飞驒众的一万一千余军势就很难顺利退回上杉领。
不久后，色部胜长、斋藤朝信、直江景纲等人就安排姐小路赖纲、江马辉盛等飞驒众诸将率军一千余留守在浮气城；安田长秀率五百军势负责留守长光寺城；黑川清实率五百军势负责留守川守城······
随后，织田信长就率剩余织田·上杉联军主力继续向西进军，在原六角家重臣进藤贤盛、后藤高治、永原重隆、平井定武、高野濑秀隆等人的引路下，准备对三好一族占据的山城一国发起侵攻。
令联军所有人都没有料到的是，近江一国竟然会如此之快就平定了。织田·上杉联军从正式与六角军交战开始算起，还不到十天的时间就将六角义贤、六角义治父子逐出了近江。作为武家名门的六角家竟然在织田·上杉联军面前如此不堪一击，实在是令人唏嘘不已。
同时，在织田·上杉联军上洛路上的最后一个敌人也就只剩下三好家了。
可还没等织田·上杉联军进入山城，占据京都的三好三人众在得知六角义贤、六角义治父子二人不敌织田·上杉联军的攻势放弃观音寺城逃往尹贺的消息后，当即决定收缩防线，率军放弃山城一国大半，并退守邻近山城与摄津两国境目地带的胜龙寺城。
正所谓屋漏偏逢连夜雨。
可就在三好三人众前脚放弃京都后不久，与三好家为敌的赤井家就开始举兵响应织田·上杉联军的上洛行动，在赤井直正的率领下，接连对摄津、东山城等地发起袭扰，使得三好一族疲于奔命。
永禄十年，九月二十五日。
在得知三好三人众放弃京都后，织田信长也是毫不客气，直接率四万七千余大军护送足利义昭进入山城，并在清水寺设置了本阵。