卢剑星和靳一川不清楚是怎么回事，但沉炼却一清二楚。他明白只要自己活着，对魏忠贤就是威胁，只有自己死了，魏忠贤没有死的秘密才能永远成为秘密。魏忠贤会通过各种手段想要除掉自己，如果继续留在京城，不但自己会死，大哥和三弟也会死。
沉炼已经没有退路，用刀子和银子逼迫上司将他们三兄弟调往金陵。
这天晚上，三兄弟受邀赴宴，卢剑星因为立下了大功，即将封为百户。他不但领到了百户的官服，还被首辅邀请同座，这让他又惊又喜。
赵靖忠却当着首辅的面点出卢剑星用300两银子买官这件事，暗示卢剑星手脚不干净，私吞了部分魏忠贤的金银财宝。卢剑星不知道是怎么回事，整个人都懵了。好在首辅没有计较，这件事算是遮掩过去了。
首辅接下来的一句话，让赵靖忠脸色为之一变。首辅宣布，三天后开棺验尸。卢剑星也隐隐感觉不妙，其他人不可能拿300两帮自己买官，唯一的可能就是沉炼，但沉炼怎么可能会有这么多银子？
酒宴结束，赵靖忠意外遇见了混入宴会，来敲诈靳一川的丁修。他想试试丁修身手，在动手的过程中，被靳一川发现了手上的伤痕。本来就感觉事情不妙的赵靖忠更加不安，决定除掉沉炼三兄弟。
三兄弟回到住所，卢剑星对沉炼拳脚相向，责问他银子从何而来，为何陷他不义。沉炼知道事情瞒不住了，向两兄弟交代了实情，魏忠贤没有死。到这个时候，卢剑星和靳一川才知道这些日子他们遭遇的所有危险都是因为魏忠贤想要杀人灭口。
沉炼清楚三天之后开棺验尸，真相就会大巴，他们三兄弟就会死无葬身之地。他决定自己抗下所有罪责，只是请卢剑星帮周妙彤赎身。卢剑星不愿意沉炼去送死，便建议在开棺验尸前离开京城，到其他地方去过日子。
与此同时，赵靖忠找魏忠贤，借他身边的卫士。三天后开棺验尸，魏忠贤没有死的秘密就会被揭开，而靳一川又看到了他手上的伤，他的真实身份已经暴露，如果沉炼他们被抓，那他将死无葬身之地，所以，他必须在开棺验尸前除掉沉炼他们。
除了找魏忠贤借卫士，赵靖忠还找到丁修，让他杀靳一川。
当丁修听到这话露出震惊的神情：“谁，公公不知道他是我师弟吗？”
赵靖忠不屑地道：“像你这这样的人还在乎这些？”
丁修义正词严地道：“公公你误会了，这个人可是我的挚爱亲朋，手足兄弟呀。”不过他接下来的一句话，却让银幕前的观众下巴碎了一地：“得加钱。”
谁也没想到他会用义正词严的口气说出如此无耻的话，现场所有人都被丁修这句无耻的话惊到了，用诸葛亮的来说就是“我从未见过如此厚颜无耻之人”。
第二天，沉炼和靳一川收拾好行李，准备离开京城。
沉炼准备给周妙彤赎身，但周妙彤不肯走，反而让他去救严峻斌。她表示只要沉炼将严峻斌救出来，她就跟沉炼走。沉炼没有办法，只能答应周妙彤去诏狱救人。等沉炼感到诏狱的时候，严峻斌已经被折磨得奄奄一息，他求沉炼结果自己。
沉炼结果严峻斌，回到暖香阁，将事情经过告诉了周妙彤。到这个时候，周妙彤和沉炼的关系之谜彻底揭开。当初刚刚成为锦衣卫不久的沉炼，和其他人一起到周妙彤家，抓走了周妙彤父亲，将12岁的周妙彤送进了教坊司。
现场观众终于明白沉炼为什么天天往暖香阁跑，却从来不和周妙彤上床，甚至靠近些坐都不敢，因为他不敢面对周妙彤，对她内心有愧。沉炼当然是爱周妙彤的，但他救周妙彤不仅仅是因为爱情，同时也是自我救赎。
人生中有很多第一次是难以忘记的，第一次干伤天害理的事也是如此。刚刚成为锦衣卫不久的沉炼，抓了周妙彤的父亲，眼睁睁看着12岁的周妙彤被送进教坊司。这是他第一次出任务，也是第一次干伤天害理的事，从此周妙彤就成了他良心上的负累。在他的心里周妙彤就是他的罪孽，只有救出周妙彤才能救赎自己，良心才能获得解脱。
与此同时，靳一川也遇到了麻烦，丁修派人给他送来了一个香囊，是张嫣的香囊。靳一川脸色大变，立刻往医馆赶。等他到达医馆的时候，医生已经死了。丁修抱着张嫣从房间里出来，并说出了非常贱的一句话“你小子眼光不错，那个姑娘很润”。
靳一川彻底被激怒，拔出鸳鸯刀，像疯子般的跟丁修战在一起。鸳鸯刀又名双燕，一长一短两把刀在靳一川手中，就像两只上下翻飞的银色燕子，划出一道道美妙的曲线，不断攻向丁修。靳一川招式极为狠辣，招招都攻击要害位置，而且全是搏命的招式。此次此刻，他只有一个想法，杀死丁修，哪怕跟他同归于尽也在所不惜。
银幕前的观众，不管是方致远粉丝，没错记者，还是嘉宾，都瞪大了眼睛，屏气凝神地盯着大银幕，连眼睛都不敢眨一下，生怕错过了哪怕一秒钟的镜头。很多人都在心里默默为靳一川加油，甚至是默默祈祷。
妮可基德曼被靳一川和丁修的精彩打斗迷住，完全忘记了自己影后的身份，兴奋得手舞足蹈：“功夫片还是得看中国电影啊，这打戏也太精彩了！这个叫靳的年轻人太厉害了，刀在他手中简直就像在跳舞一样！”
就连程龙也不住点头：“这个方致远身手不错，这一套招式使得如行云流水，应该是下了苦功的！可惜这一段用的是快剪镜头，没能让他的动作完美呈现出来！”
靳一川功夫不如丁修，又重病在身，哪怕他采用搏命的打法，依然不是丁修的对手，最终还是被击倒在地。丁修准备杀了靳一川，但最终没能下手。他有些惆怅地道：“真要杀了你，从今以后这世上就只有我一个人了。”
就在此时，黑暗中窜出两个蒙面杀手，举起火枪瞄准了丁修。奄奄一息的靳一川，奋力推开丁修，火枪的子弹全打在了他的身上。
卢剑星没有收拾行李，也不打算离开。他清楚放跑魏忠贤是大罪，要是逃走，三个人都会死。当初赵靖忠派任务的时候，点名找的自己，现在上面要追查放跑魏忠贤的责任，自己是第一责任人；如果自己承担所有罪责，那两个兄弟就不用死。他穿上了梦寐以求的百户官服，来到镇抚司请罪，称所有事情均是自己一人所为。
皇帝已经诛杀了数百和魏忠贤有牵连的人，而朝廷中太多人跟魏忠贤有瓜葛，真要杀下去，只怕朝堂上都将无人可用。卢剑星愿意一个人抗下所有罪责，皇帝也就顺水推舟，将所有罪责推给卢剑星，第二天将其当街处斩。
杀出重围的丁修背着周妙彤来到医馆找靳一川，准备一起离开京城。只是当他们来到医馆，看到的是靳一川冰冷的尸体。沉炼跪在靳一川的尸体面前，放声大哭：“二哥错了，二哥后悔了！二哥后悔了……”
医馆的大全景过后，画面一片雪白，什么都看不到了。
现场观众以为电影到这里就结束了，故事以悲剧收尾。很多人感觉胸口像压了一块石板似的，感觉呼吸不畅，憋得难受。有人小声滴咕：“大家在现实中有很多不如意，看电影是为了娱乐和放松，结局搞得这么惨，简直是给人添堵嘛！”
程龙微微摇了摇头，这部电影拍得不错，镜头很好，视听语言不错，故事也很精彩，但故事结局太黑暗，太压抑，没有武侠片的爽快感。他觉得这部电影票房不会太好，武侠是成人童话，观众看武侠片是为了爽，要是看完电影不爽，票房肯定不会太好。
画面切到草原上，时间来到了两个月后的关外。
赵靖忠由于阉党的身份暴露，而且假传圣旨，大明待不下去了，准备到关外投靠女真人。沉炼要为靳一川和卢剑星报仇，丁修因为靳一川临死前救了自己，也要为靳一川报仇，两人一路跟踪而来。现在他们终于追上了赵靖忠，最终决战即将展开。
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就在此时，后金派来接应赵靖忠的一队骑兵赶到了。后金骑兵听到沉炼和丁修是敌人，立刻纵马杀过来。丁修毫无惧色，提着斩马刀纵马向后金的骑兵冲了过去。沉炼和赵靖忠也很快打在一起，最终的决战终于展开。
沉炼握着大哥卢剑星的雁翅刀，跟握手长枪的赵靖忠战在一起。两人之间不死不休，使的都是搏命招式，他们心里都只有一个念头干死对手。长刀与长枪不但撞击在一起，发出叮叮的响声，就像一只只鼓槌，不断敲击在观众的心上。
那种强烈的视听冲击让观众血脉喷张，让观众大呼过瘾。
雁翅刀很快被打掉，沉炼立马拔出了三弟靳一川的鸳鸯刀，跟赵靖忠打在一起。沉炼功夫不如赵靖忠，手中的鸳鸯刀又很快被打掉，而他也被赵靖忠的长枪刺中。不过就在赵靖忠准备结果他的时候，他将绣春刀刺进了赵靖忠的胸口，成功反杀。
与此同时，丁修与后金骑兵打在了一起。他的马被后金骑兵射死，就握着斩马刀步战。他好似天神下凡一般，硬是将后金骑兵全部杀光。观众目瞪口呆的同时，心里是说不出的痛快，靳一川和卢剑星死亡带来的压抑感得到了完美的释放。
在电影最后，沉炼看着眼前广漠的草原，仿佛中他看到自己与靳一川和卢剑星在草原上策马驰骋；同时三兄弟讨论做最想去哪儿，卢剑星最想去泉州，他想带母亲而看看大海；沉炼最想去苏州；而靳一川最想到关外……
字幕飞快划过，电影到此结束。
略显感伤的音乐声中，海潮般的鼓掌声冲天而起。《绣春刀》有精彩的打戏，有职场的生态，也有爱情和兄弟义气，大家觉得电影离自己好像很远，有好像很近，有一种说不出的感受，只能以鼓掌来表示此刻内心的激动。