《勤求卷第十四》论求真师、勤修炼。劝大要勤于求师，而且要慎择真师。
《杂应卷第十五》论述断谷、却寒、却热、服药、辟五兵、吞气、隐沦、去病、召神、乘跻、占卜、坚齿、变化、导引、聪耳、明目、登涉、辟疫、存思、符箓等方术。
《黄白卷第十六》述黄白术。认为天下事物均可变化，故黄金、白银可以烧炼而成。指出炼黄白必须师授口诀，必须择清洁之地。烧炼黄白不是为了致富，而是为了长生。该篇还详细介绍了几种黄白术。
《登涉卷第十七》述入山远游诸术。有辟鬼邪、蛇龙、毒魅、虎狼及入水诸法，包括服符呼箓、镜照苇挝、禁炁封印、遁甲择日、步虚诵咒、佩药服丸等。
《地真卷第十八》论金丹及守真一、守玄一之道。葛洪称“道起于一”，谓“一”有姓名服色，在三丹田之中。守一可以去邪，获得长生。
《遇览卷第十九》述道经书目。葛洪阅其师郑隐之藏书，著录备种道书神符凡260种。这些道书大部分己亡佚，唯赖此载可以略窥晋之前道书之梗概。
《祛惑卷第二十》论识别神仙之真假。强调要勘求明师，谨防庸师、假师，并举例说明。葛洪认为，只有通晓金丹术者才是真师。
《外篇》的基本内容
《外篇》言人事，以儒为宗，反映了葛洪儒教的思想。
《弭讼》等9篇论述时政得失，讥刺世俗，言治民之法。
《臣节》等7篇评人事臧否，主张藏器待时，克己思君。
《君道》等14篇谏君主任贤举能，爱民节欲，独掌权柄。
《勖学》、《崇教》两篇论超俗出世。
《交际》等5篇论修身。
《钧世》等7篇论文言著书之贵。
《诘鲍》篇主张有君。
《博喻》、《广譬》两篇皆替喻，重复诸篇思想。
《自叙》一篇殿后，乃自传体，亦为全书之序。
《外篇》论时政得失，托古刺今，讥评世俗，述治民之道，主张任贤举能，爱民节欲。《四库提要》谓其“辞旨辨博，饶有名理。”鲁迅赞其“论及晋末社会状态”。
《外篇》还阐述了进步的文学观，强调要注重思想内容和社会作用，主张立言必须有助于教化，同时提倡文章与德行并重。认为文学是发展的，今胜于古，既要反对唯古是尊，又要反对厚今薄古。强调文学批评要注意作者的风格、个性，要广录博收，反对偏嗜和浅尝。
葛洪在《抱朴子》一书之中，将玄学与道教纳为一体，将神学与道学纳为一体，将方术与金丹纳为一体，将丹鼎与符炁纳为一体，将儒学与仙学纳为一体，从而确立了道教的神仙理论体系。
唐密九秘
九字真言，出自东晋葛洪的《抱朴子内篇·登涉》，原文有两种说法。一种是“临兵斗者，皆阵列前行”；一种是“临兵斗者，皆数组前行”。唐密传入日本时，被误抄为“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前”，而成为日本修验道之山伏所重视的咒法。
归隐山林
《家语》曰：“不食者，不死而神。”《说文解字》：“仙:长生仙去。从人从山。”《释名》“老而不死曰仙。仙，迁也。迁入山也。故其制字人旁作山也。”葛洪著有《抱朴子》一书，认为山林是道者避隐合药之处，强调说：“山林之中非有道也，而为道者必入山林，诚欲远彼腥膻，而即此清净也。”（《抱朴子内篇·卷十，明本》）又说：“是以古之道士，合作神药，必入名山，不止凡山之中，正为此也。”（《抱朴子内篇·卷四·金丹》）他认为归隐山林是一件很庄重，很神秘的事情，“名山为合药之所”，是他选择炼丹地的主要外部条件。他认为宗教是神圣的作业，还“宜入名山”，远离俗人。为道之士“莫不飘渺绝迹幽隐山林。”
作品思想
《抱朴子·内篇·金丹》云：“夫五谷犹能活人，人得之则生，人绝之则死，又况于上品之神药，其益人岂不万倍于五谷耶。夫金丹之为物，烧之愈久，变化愈妙。黄金入火，二百炼不消，埋之，毕天不朽。服此二药，炼人身体，故能令人不老不死。此盖假求于外物以自坚固，有如脂之养火而可不灭，铜青涂脚，入水不腐，此是借铜之劲以抒其肉也。金丹入身中，沾洽荣卫，非但铜青之外傅矣。”以上的这段话，可以说是抱朴子金丹理论的核心。葛洪的金丹理论，并不是很玄妙，只是认为黄金不会朽坏，如果服食黄金烧炼的金丹，那么人也可以跟黄金一样，变成不坏之身。
魏晋之际是道教理论渐趋成熟的关键时期，葛洪于东晋时期对道教理论体系的建构在后世产生了深远影响，而其构建道教理论体系的努力主要体现其所著《抱朴子内篇》一书中。然原于《抱朴子内篇》与老庄之密切关系，研究者历来多关注其与老庄思想之区别，而对它们之间的继承和转化语焉不详。《抱朴子内篇》对《庄子》的接受，是葛洪在构建道教理论体系时对《庄子》接纳、吸收并通过其主观改造而最终内化的过程。葛洪对《庄子》文辞、典故及其基本哲学概念，都有意识地进行了继承与改造。同时，葛洪还将《庄子》“齐死生”论与道教神仙思想进行了调和，最终构建了较为完备的道教理论体系。展现了魏晋之际葛洪在道教理论与信仰实践模式的建设中对以庄子为代表的道家思想有意识地汲取与改造之过程。
一、对《庄子》文本的“碎用”及其论说方式的承袭
对《庄子》文本的“碎用”及其论说方式的承袭是葛洪《抱朴子内篇》的典型特征。在葛洪之前，初期的道教著作往往依附于道家的著作及其理论。东汉末期的道教经典《老子想尔注》就是通过对《老子》注疏的方式来阐释道教的基本理论。汉代的另一部道教著作《太平经》也同样有化用老庄之言来阐释教义的作法，可见此法沿袭已久。葛洪在创作《抱朴子内篇》的过程中沿袭了这一做法。葛洪《释滞》篇谓：“文子、庄子、关令尹喜之徒其寓言譬喻，犹有可采，以供给碎用，充御卒乏。”他认为《庄子》寓言多有可取之处，因而在系统阐述其道教思想时，往往化用《庄子》中特定的文本以使得语言的表达更加丰富形象，易于为人所接受，此即所谓“碎用”。