原本参与暴动的农民，既没有坚定的信念支撑，又没有经过系统的军事训练。他们听说官军消灭了伊涛，早就惶惶不可终日，现又见大批官军到来，更是魂飞胆丧。很多人乘夜离开卢幺的队伍，偷偷逃走了。当卢幺收到白铭肇和林九都的招降书时，他只犹豫了几天，便决定率部投降。
清晨，卢幺自缚双手，带着手下的十八个头目往林九都大营请降。林九都表现得非常豪爽。他亲自给卢幺松绑，又说了一番抚慰的话，还手牵手领着众人进大帐宴饮。至中午，林九都命两名城防军副尉带着二百军兵进驻石鼓镇，解除农民军的武装。他还拨发了一笔军饷，招待降卒吃肉喝酒。是夜，卢幺和他的手下一个个喝得酩酊大醉。林九都回到帅帐，叫过几名军官，低声问道：“投降的贼兵有多少？现在情况如何？”一名副尉凑近了回答：“大人，贼兵有一千六百多人。现都安置在镇西边的沟地里，这些贼寇多数喝高了，睡得跟死猪一样。”林九都又问：“兵器都收缴了吗？”另一名副尉凑前一步说：“大人放心，他们身上现在连个铁片都没有。”林九都咬着牙说：“君君臣臣父父子子，这些贼寇犯上作乱，对抗官府，个个该杀。招降他们，纯属多余。只是，才剿灭了一两千土匪，功劳未免小了些！”身旁的军官赶忙说：“大人，这石鼓镇周边的居民可以说个个通匪，杀了他们一点也不冤枉。”林九都又想了想说：“那好。到后半夜，本官在营内动手。你们二将带着军队在营外动手，就以贼寇诈降、图谋再反为名，将他们统统斩杀。这一战，若能歼敌五千以上，本官定向朝廷动本，给你们加官进爵。”两将赶紧打千行礼，遵命行事去了。结果，可想而知，在那一夜，石鼓镇及其周遭的老百姓被屠戮殆尽，田野和道路几乎都被鲜血染红。
经此变故，农民军的力量遭受了重创，杨安、甘老大和钟成的队伍被迫远遁，丹阳的治安很快得以恢复。然而，令白铭肇头疼的是，再也没有大股流寇接受招抚；但凡朝廷军队开赴的地方，农民军立即化整为零，或就地隐藏，或窜入他处；而当官军驻防后，又不时有贼人冒出，袭扰攻击兵力薄弱的区域。在接下来的一个多月里，白铭肇带着几千部队四处剿匪，除了偶有小获外，再也没能取得重大战果，反而损失了数百官军。他就象掉进蚊虫堆里的狮子，站也不是，卧也不是，挠也挠不到，咬也咬不着。
在这种情况下，林九都和一些军官纷纷建议白铭肇对匪寇猖獗的地区采取断然措施，即屠村和屠城。开始的时候，受仁爱和民本思想教化多年的白铭肇还能坚持原则，顶住压力，拒绝众人的提案。但随着战事的延长，朝中弹劾他靡师费饷、庸碌无能的人越来越多，特别是成王殿下班师在即，朝里一片喜迎凯旋的氛围，同泰帝又两次下旨催促他快速剿贼后，白铭肇再也无法坚持，只能默许或同意属官的请求。