泰昌三年二月，辽西战火频仍。
开原军长驱直入，连下沈阳、辽阳、广宁、义州、锦州诸城，兵锋直逼宁远、山海关。
辽东经略王化贞投降开原后，朝廷震惊，内阁与司礼监经过一番争斗，最终推出了新的经略人选。
正月底，内阁票拟由兵部侍郎王在晋取代王化贞，经略辽东，率蓟镇、宣大、甘肃、陕西、山西等地边军火速驰援宁远，大张讨伐，翦灭刘贼。
二月一日，王在晋代王化贞为兵部尚书兼右副都御史，经略辽东、蓟镇、天津、登、莱，皇帝特赐他蟒玉、衣带和尚方宝剑。
新任辽东经略离开京师时，奉诏入宫，向病榻上的泰昌皇帝分析关外形势：
“刘贼败坏辽东、辽西，一坏于开原，二坏于浑河，三坏于辽、沈，四坏于广宁。初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏——捐弃全辽，则无局之可布矣！”
此时泰昌皇帝已经病重卧床，气息奄奄，听了王在晋的话，皇帝连忙摇摇手，挣扎着坐了起来，目光浮动，望向他的大臣：
“先皇宽仁，厚待开原，以致刘贼坐大。刘贼狼子野心，人神共愤，辽东事已至此，卿不可推辞。粮草援军，都会给你备齐，国乱思良相，卿到辽东，当与祖大寿勠力同心，为大明除此国贼，建不世功勋！切记切记。”
王在晋做过都察院右副都御史，知道这次援辽作战，粮草是不可能备齐的。
大明九边各地，拖欠兵饷已久，宣大被拖欠半年，陕西被拖欠十月。各地战兵形如乞丐，卖儿鬻女者，大有人在，向外番卖自己的腰刀和铠甲更是家常便饭。
去年，徐光启上疏对边军进行改革，要求将每名边军的兵饷提高到二两，更换装备，裁撤京师火器局，直接从澳门兵工厂购置性能可靠的火铳·····结果徐光启自然遭到了御史和总兵们猛烈攻击弹劾，后来此事也就没了下文。这位徐光启现在下落不明，好像是被开原细作劫走了。
粮草无解，援兵无望。
王在晋知道皇帝无其他人可用，除了自己，又有谁愿意蹚浑水呢？
王在晋安慰皇帝几句，祈祷圣上早日痊愈，便独自一人走出紫禁城。
走过金水桥时，日头渐渐沉入西山，小冰河气候下的初春没有吹面不寒杨柳风，有的只是寒气逼人。
王在晋裹紧皮弁服，出了宫门，坐在自己官轿中，官轿一路向王府府邸走去。
大街上跑动着抢购米面的百姓，辽西战事正在影响京师。
王在晋长叹一声，无可奈何的摇摇头。
泰昌三年二月，失去魏忠贤控制的朱常洛，在新厂公许显纯的教唆下，夜夜笙歌，渔色无度，史书记载：
“三年二月，厂臣进美女侍帝。未十日，帝患病。”
二月初八，泰昌帝病重，召内官崔文升治病。
崔文升本是郑贵妃宫中的亲信太监。朱常洛即位以后，升为司礼监秉笔太监，朱常洛患病后，郑贵妃指使崔文升以掌御药房太监的身份向皇帝进“通利药”，即大黄。大黄相当于泻药。所以，接下来的一昼夜，朱常洛连泻三四十次，身体极度虚弱，处于衰竭状态。
泰昌三年二月十日，朱常洛召英国公张惟贤、内阁首辅方从哲等十三人进宫，令皇长子朱由校觐见，崔文升被逐出皇宫。
泰昌三年二月十二日，鸿胪寺丞李可灼献仙丹，朱常洛服用后，感觉还好，让内侍传话说：
“圣体用药后，暖润舒畅，思进饮膳。”
泰昌三年二月十三日五更，朱常洛驾崩。
二月十五日，太子朱由校继帝位，改年号为崇祯。
新任辽东经略抵达宁远之际。
义州戚家堡、锦州城南双堡、十官儿屯等地辽民数万，结寨自保，大、小凌河亦有数千不肯追随祖大寿的辽民。
十三山、前寺山、查角山聚集难民十万，由义州大侠杨三率领，杨三采取中立策略，既不随辽镇撤入宁远，亦不愿向开原军投降。
刘招孙派出马士英、森悌等官员，出面对十多万辽西难民进行招抚，许诺他们，等击败祖大寿，便给难民分田地，只要在战乱中没有滥杀无辜者，开原皆既往不咎。
十三山首领杨三派人前往宁远，向辽东经略王在晋请求拨发钱粮，他将亲率辽西义士与“刘贼”血战到底，报效朝廷。
新任辽东经略王在晋对杨三的请求置若罔闻。
王在晋认为，目前宁远、山海关防守尚未稳固，不可轻举妄动，若救回难民，必然无处安置，也没有粮草供养，而且难民中间肯定会夹杂很多开原奸细。
最后，王在晋对十三山使者说：
“刘贼现在只是吞并锦州，并没有立即攻打宁远、山海关，若朝廷轻易收留你等，必然会给刘贼开战的理由。”
泰昌三年二月上旬，广宁战后，右屯卫、锦州、大凌河城、小凌河城、松山、杏山、连山、塔山守将奉高第之命，焚烧庐舍，粮储，撤军民于关内。
开原军长驱直入，连取明军所弃之城，兵锋直逼宁远。
二月十二日，祖大寿闻知开原军已过辽河，马上进行军事部署。
宁远城内以广武营步兵防守，中左所都司陈兆兰率领本营步兵入城，与都司徐敷奏协防，总兵标下家丁在城上及四门为援。
中军孙绍祖、何可纲、李国辅、黄维正、彭簪古等人督阵，祖大寿亲率家丁在城内缉拿奸细。总兵祖大弼领本营精锐出兴水县堡、瓦窑冲作为援兵。
副将朱梅，游击马廣、邓茂林各率所部精锐与祖大弼合营，作为宁远北边外援。
祖大寿又令宁远及金州所属各小堡堡官孟继孔、孙承惠、张存仁、金国凤、孙定辽、赵邦宁，各率骑兵与祖大弼汇合一处。
龙武水营游击姚与贤、乔恒、季士登，都司王锡斧等人简选各船精兵，在觉华岛待命，为宁远南边外援。
中右所由刘永昌、尤岱坚守，前屯卫总兵赵率教领所部三车营步兵防守中千所、前屯卫、中后所，作为宁远的后援。
这样，以宁远为中心，东、西、南、被四面相呼应的防御体系就建立起来了。
祖大寿从祖大弼及各路败军口中了解到辽沈、广宁等地陷落的过程，号召宁远全城军民齐心守城，他让家丁在城中四处张贴布告，其文如下：“本官定与此城共存亡，城内各将领或守或援，俱当与本城共存亡。结连一处，彼此同心，死中求生，必生无死。若有临战退缩，必于军前斩之，有一人乱行动者杀，城上人下城者即杀！”