在拉顿被打进海中时，帝王组织的人接到了海军上将的视频电话。对话中，这位海军上将要帝王组织的成员撤退，因为他们要发射新武器——氧气破坏者，又名氧气毁灭者、水中氧气破坏剂等等。
虽然芹泽教授不同意，但他可改变不了这位海军上将的决定。
击败拉顿的基多拉，这回被那艘飞船吸引了，逐渐跟了上去。
在它即将接触到飞船时，哥斯拉来了。
好像在报复上次基多拉逃跑的举动，哥斯拉一上来就把基多拉扑进了海中。
在海里，哥斯拉明显占据上风。捶的基多拉，不断释放引力光线。
经过一番缠斗，哥斯拉咬住了基多拉的左头。狠狠一用力，将其连着大半个脖子一起咬了下来。也正在此时，军方发射的氧气破坏者抵达了。
随着氧气破坏者进入海中，绿色的光芒爆发，让帝王组织的众人在天空中看见了海里基多拉和哥斯拉的影子。
强烈的光芒闪过，就如同海里出现了太阳一样，让在场人类的眼中只有白茫茫的一片。
爆炸过后，无数海水像下雨一般滴落下来，绿色的蘑菇云从海面上升起，紧接着爆炸余波来临。
存活下来的帝王组织成员，关切的看向大海，希望看到有奇迹的发生。
海面上，出现了无数鱼类的浮尸。他们希望的奇迹降临了，但却是基多拉创造的，而哥斯拉并未出现。
“芜湖”
少了一个头的基多拉，破水而出。
帝王组织的成员看着基多拉，满眼都是不可置信。他们通过科学仪器知晓哥斯拉生命指数正在逐渐衰减，直到从仪器中消失。
不同于帝王组织众人的失落，基多拉现在兴奋极了。正处于打败宿敌，幻想实现自我抱负的时刻。
它巨大的身形耸立于火山之上，被咬断的龙头快速再生。虽然有中间龙头帮助咬掉薄膜，但其再生能力还是很令人类吃惊。
“芜湖”×3
再生完毕的基多拉张开翅膀，三个龙头发出了长短不一，跌宕起伏的叫声。这叫声传遍了全球，令那些泰坦巨兽相继苏醒了过来。
美利国，某个钻井油田突然从地下刺出众多巨大的尖刺，帝王组织五十五号前哨站，泰坦巨兽——斯库拉。
德意志，某个小镇旁的大山突然站了起来，瞬间地动山摇。帝王组织六十七号前哨站，泰坦巨兽——玛士撒拉。
帝王组织五十八号前哨站，泰坦巨兽——贝希摩斯。
帝王组织五十七号前哨站，泰坦巨兽——魔克拉。
泰坦巨兽——羽蛇神。
泰坦巨兽——女王穆托。
泰坦巨兽——利维坦。
……
许多泰坦巨兽从沉睡中醒来，它们有的响应了基多拉，有的根本丝毫不理会它的叫声。
………………
APEX组织基地中，洛、艾玛·拉塞尔、乔纳·艾伦和沃尔特·西蒙斯四人，正看着电子屏幕上全球各地苏醒的泰坦巨兽。
乔纳·艾伦面无表情的说道：“我以为我们是逐次释放他们，一次一个。”
艾玛·拉塞尔有些不敢相信，连连否认道：“这不是我做的。”
屏幕中，基多拉叫完后，拉顿立马飞来，表示臣服。不愧是你啊，俊杰拉顿。
洛满意的点头说道：“时机到了！”
听到洛的话，沃尔特·西蒙斯问道：“大人，需要准备把金刚送来吗？”
洛还没说什么，艾玛·拉塞尔则惊呼道：“你们打算做什么？这又关金刚什么事？”
“你怎么敢和大人如此说话！”沃尔特·西蒙斯见艾玛·拉塞尔插嘴，立马怒了，他已经忍了这个女人好久。
洛举起手制止了沃尔特·西蒙斯，他并不在意艾玛·拉塞尔的失礼，耐心的解释道：“在很久以前，基多拉就是哥斯拉的对手，他们互相争斗。而他们的目的各不相同，但最后只有一点是一样的，胜利者将会是怪兽之王。怪兽之王可以号令其他泰坦巨兽，唯它是从。”
“之前因为人类的插手，哥斯拉败了，基多拉成为了怪兽之王。它让那些沉睡中的泰坦巨兽，在差不多同一时间苏醒。以它的意志，改变这颗星球。”
“带金刚过来也很简单，它也是一位潜在的怪兽之王。”
听了洛的回答，艾玛·拉塞尔转头看向电子屏幕中的基多拉，喃喃自语道：“金刚能打败它吗？”
和她不同，乔纳·艾伦可是坚定的世界毁灭主义者，他沉声道：“你们之前可没和我说过，有金刚什么事情。”
洛看了看他没有说话，不过沃尔特·西蒙斯嘲讽道：“我现在和你说，也不迟。”
“哼！”乔纳·艾伦冷哼一声，转身向外走去。
没理他，沃尔特·西蒙斯继续问道：“大人，那么金刚要运到哪里？”
洛想了想，说道：“最终舞台就决定在纽约了！你把金刚运到纽约吧，顺便让那三个东西，也留在那里。”
沃尔特·西蒙斯没有再多说什么，点头称是。
………………
在他们讨论之时，华国云南。
月下，摩斯拉破茧而出。两只翅膀张开，让众人仿佛看见了两只“天眼”。
………………
APEX组织基地内，艾玛·拉塞尔和麦迪森·罗素开始了争吵。
最后，小姑娘麦迪森·罗素偷走Orca系统，逃出基地，想借助附近城市中体育场的广播使怪兽们平静下来，但被APEX组织中的人工智能阻止了。
………………
帝王组织内部，他们找到了基多拉的起源——星空。它是外星生命才不会惧怕氧气破坏者，才具有强大的再生能力，才会在飞行时引发风暴。
同时，摩斯拉飞越大海来到帝王组织众人面前。它在雨云之上发出独特的叫声，随后吹散云层，爆发出刺目的光芒。它是如此的美轮美奂，让人着迷。
在魔斯拉的叫声中，帝王组织成员们隐约探测到哥斯拉似乎并没有死。它只是重伤了，然后回到海底休息恢复。
而经过之前的两次战斗，众人意识到只有哥斯拉才能击败基多拉。为了让哥斯拉能够尽快恢复，帝王组织提出携带核、弹头去哥斯拉疗伤地帮助它。
于是潜艇带着核鱼雷潜至深海，在即将抵达哥斯拉洞穴时，却发现鱼雷发射不了。情急之下，芹泽教授单独乘坐一个小艇，手提着核爆装置前往面见哥斯拉。
在一个包含若干种远古文明的遗迹中，芹泽教授见到了虚弱的哥斯拉。同时，遗迹上的壁画展示了在这个世界上，那些怪兽才是神，是哥斯拉将火带给了人类。芹泽教授自己献身，引爆了核弹头。